Ep 2 307 459 B1 Vezujući agensi notch1 receptora I postupci njihove primene



Yüklə 344.06 Kb.
səhifə3/9
tarix25.04.2016
ölçüsü344.06 Kb.
1   2   3   4   5   6   7   8   9

[0059] Termin "himerna antitela" se odnosi na antitela gde je amino kiselinska sekvenca imunoglobulinskog molekula izvedena iz dve ili više vrsta. Obično, varijabilni region oba lakih i teških lanaca odgovara varijabilnom regionu antitela izvedenom iz jedne vrste sisara (npr., miš, pacov, zec, itd.) sa željenim specifikacijama, afinitetima, i/ili sposobnostima, dok su konstantni regioni homogenovani na sekvencama u antitelima izvedenih iz drugih vrsta (uglavnom ljudi) kako bi se izbeglo izazivanje imunog odgovora u tim vrstama. Termin himerno antitelo obuhvata monovalentna, divalentna i polivalentna antitela.
[0060] Termin "epitop" ili "antigenska determinanta" se ovde korist naizmenično i odnosi se na onu porciju antigena koji je sposoban da se prepozna i posebno veže za određeno antitelo. Kada je antigen polipeptid, epitopi mogu biti obrazovani oba iz konjugovanih amino kiselina i nekonjugovanih amino kiselina postavljeni blizu jedne druge od strane tercijalnog savijanja proteina. Epitopi obrazovani iz konjugovanih amino kiselina (takođe se odnose kao linerani epitopi) se obično zadržavaju nakon proteinske denaturacije, pri čemu se epitopi obrazovani tercijalnim savijanjem (takođe se odnose kao konformacijski epitopi) obično gube nakon proteinske denaturacije. Epitop obično obuhvata bar 3, a više, bar 5 ili 8-10 amino kiselina u jedinstvenoj prostornoj konformaciji.
[0061] To da se antitelo "selektivno vezuje" ili "posebno vezuje" za epitop ili receptor znači da antitelo reaguje ili se povezuje češće, brže, sa većim izdržajem, sa večim afinitetom, ili sa nekom kombinacijom prethodno navedenog epitopa ili receptora nego sa alternativnim supstancama, uključujući nesrodne proteine. "Selektivno vezuje" ili "posebno vezuje" označava, na primer, da se antitelo vezuje za protein sa KD od oko 0.1 µM ili manje, ponekad oko 1 µM ili manje, ponekad oko 0.1 µM ili manje i ponekad oko 0.01 µM ili manje. Zbog sekvencnog identiteta između homogenog proteina u različitim vrstama, posebno vezivanje može obuhvatati antitelo koje prepoznaje Notch receptor u više od jedne vrste. Podrazumeva se da, u nekim slučajevima, antitelo ili vezujući ostatak koji se posebno vezuje za prvu metu može ili ne mora posebno vezivati za sekundarnu metu. Kao takav, "posebno vezivanje" ne zahteva (iako može da obuhvata) ekskluzivno vezivanje, odn. vezivanje za pojedinačnu metu. Uopšteno, ali nije neophodno, referenca za vezivanje označava posebno vezivanje.
[0062] Nadmetanje između antitela je utvrđeno analizom gde imunoglobulin pod studijom inhibira posebno vezivanje referentnog antitela na uobičajeni antigen. Poznati su višestruki tipovi kompetitivnih vezujućih analiza, na primer: direktna ili indirektna radioimuna analiza čvrste faze (RIA), direktna ili indirektna enzimska imuno analiza čvrste faze (EIA), umetnuta kompetitivna analiza (videti Stahli et al., Methods in Enzymology 9:242-253 (1983)); direktna biotin naznačena analiza čvrste faze EIA (videti Kirkland et al., J. Immunol. 137:3614-3619 (1986)); direktna naznačena analiza čvrste faze, direktno naznačena umetnuta analize čvrste faze (videti Harlow and Lane, "Antibodies, A Laboratory Manual," Cold Spring Harbor Press (1988)); direktno naznačena RIA čvrste faze korišćenjem 125I oznake (videti Morel et al., Molec. Immunol. 25(1):7-15 (1988)); direktna biotin-avidin EIA čvrsta faza (Cheung et al., Virology 176:546-552 (1990)); i direktno naznačena RIA (Moldenhauer et al., Scand. J. Immunol. 32:77-82 (1990)). Obično, takve analize obuhvataju primenu prečišćenog antigena vezanog za čvrstu površinu ili ćeliju koja nosi bilo koju od ovih, naznačeni testirani imunoglobulin i naznačenu referencu imunoglobulina. Kompetitivna inhibicija je izmerena utvrđivanjem količine naznačene veze na čvrstoj površini ili ćelijama u prisustvu testiranog imunoglobulina. Obično je testiran imunoglobulin prisutan u višku. Antitela identifikovana kompetitivnom analizom (antitela koja se nadmeću) obuhvataju antitela koja se vezuju za isti epitop kao referentno antitelo i antitela koja se vezuju za susedni epitop dovoljno proksimalan za vezu epitopa referentnim antitelom za prostornu prepreku koja se dešava. Obično, kada je antitelo koje se nadmeće prisutno u višku, onda će inhibirati posebno vezivanje referentnog antitela u odnosu na uobičajeni antigen od bar 50 ili 75%.
[0063] Termin "izolovan" ili "prečišćen" se odnosi na materijal koji je bitno ili suštinski slobodan od komponenti koje ga normalno prate u njegovom prorodnom stanju. Čistoća i homogenost su obično određeni primenom analitičkih hemijskih tehnika kao što je poliakrilamidna gel elektroforeza ili visoko izvedena tečna hromatografija. Protein (npr., antitelo) ili nukleinska kiselina, koja predstavlja preovlađujuće vrste prisutne u dobijanju, je značajno prečišćen. Naročito, u nekim slučajevima, izolovana nukleinska kiselina koja sadrži gen je odvojena iz otvorenih okvira koji se čitaju, tako da prirodno slabi gen i kodira proteine osim proteina kodiranog od strane gena. Izolovano antitelo je odvojeno iz drugih ne-imunoglobulinskih proteina i iz drugih imunoglobulinskih proteina sa različitim antigenom koji se posebno vezuje. Može takođe da znači da nukleinska kiselina ili protein je bar 85% čist, bar 95% čist, i u nekim slučajevima, bar 99% čist.
[0064] Kao što je ovde korišćeno, termin "rak" i "kancerogeno" odnosi se ili opisuje fiziološko stanje kod sisara gde su populacije ćelija okarakterisane sa neregulisanim ćelijskim rastom. Primeri raka obuhvataju, ali nisu ograničeni na, karcinom, limfom, blastom, sarkom, i leukemiju. Određenije, primeri kao što je rak, obuhvataju, ali nisu ograničeni na, skvamozne ćelije raka, rak pluća malih ćelija, rak pluća ne malih ćelija, adenokarcinom pluća, skvamozni karcinom pluća, kancer peritoneuma, hepatoćelijski rak, gastrointestinalni rak, rak pankreasa, glioblastom, rak grliča materice, rak jajnika, rak jetre, rak bešike, hepatom, rak dojke, kolonalni rak, kolorektalni rak, endometrialni ili uterinski karcinom, karcinom pljuvačnih žlezda, rak bubrega, rak jetre, rak prostate, vulvalni rak, rak tiroidne žlezde, hepatični karcinom i razne vrste raka glave i vrata.
[0065] "Tumor" i "neoplazma" kao što je ovde korišćeno se odnosi na bilo koju masu tkiva koja rezultuje iz prevelikog rasta ćelije ili proliferacije, ili benignog (nekancerogenog) ili malignog (kancerogenog) koji obuhvata pre-kancerogene lezije.
[0066] Termin "proliferativni poremećaj" i "proliferativno oboljenje" odnosi se na poremećaje povezane sa abnormalnom ćelijskom proliferacijom kao što je rak.
[0067] "Metastaza", kao što je ovde kroišćeno, odnosi se na postupak kojim se rak širi ili prebacuje iz mesta porekla na druge regione tela uz razvoj sličnih kanerogenih lezija na novoj lokaciji. "Metastatična" ili "metastazna" ćelija je ona koja gubi adhezioni kontakt sa susednim ćelijama i migrira preko krvotoka ili limfe iz primarnog mesta oboljenja do napadnutih susednih telesnih struktura.
[0068] Termini "matična ćelija raka" ili "matična ćelija tumora" ili "matična ćelija čvrstog tumora" se ovde koriste naizmenično i odnose se na populaciju ćelija iz čvrstog tumora tako da: (1) ima proširenu proliferativnu sposobnost; 2) su sposobne na asimetričnu ćelijsku deobu generišući jednu ili više vrsta različitih potomstava sa redukovanom proliferacijom ili razvojnim potencijalom; i (3) su sposobne na simetrijsku ćelijsku deobu za samo obnavljanje ili samo održavanje. Ove osobine "matične ćelije raka" ili "matične ćelije tumora" ili "matične ćelije čvrstog tumora" dodeljuju na ove matične ćelije raka sposobnost da obrazuju opipljive tumore nakon serijskih transplatacija u imunokompromitovanim miševima u poređenju sa većinom tumorskih ćelija koji ne formiraju tumore. Matične ćelije raka podvrgavaju se samo obnavljanju nasuprot diferencijaciji na haotičan način tako da obrazuju tumore sa abnormalnim ćelijskim tipovima koji mogu da se menjaju tokom vremena kada se mutacija odigrava.
[0069] Termin "ćelije raka" ili "ćelije tumora" se odnosi na ukupnu populaciju ćelija izvedenih iz tumora koji obuhvataju obe ne-tumorne ćelije, koje obuhvataju obimnu populaciju tumornih ćelija, i tumorne matične ćelije (matične ćelije raka).
[0070] Kao što je ovde korišćeno "kancerogeno" se odnosi na funkcionalne osobine matične ćelije čvrstog tumora koji obuhvata osobine samo obnavljanja (podstičući dodatno kancerogenost matičnih ćelija raka) i proliferacije da generišu sve druge ćelije tumora (podstičući diferencijaciju i prema tome ne-kancerogene tumorne ćelije) koje dozvoljavaju da matične ćelije čvrstog tumora obrazuju tumor.
[0071] Kao što je ovde korišćeno, "kancerogenost" tumora se odnosi na sposobnost slučajnog uzorkovanja ćelija iz tumora da obrazuju opipljive tumore nakon serije transplatacije u imunokompromitovanim miševima.
[0072] Kao što je ovde korišćeno, termini "markeri matičnih ćelija raka" ili"markeri raka matičnih ćelija" ili "markeri matičnih ćelija tumora" ili "markeri matičnih ćelija čvrstog tumora" se odnose na gen ili gene ili protein, polipeptid, ili peptid iskazan genom ili genima čiji nivo iskazivanja, sam ili u kombinaciji sa drugim genima, je u uzajamnoj vezi sa prisutnim kancerogenim ćelijama raka kada se poredi sa ne-kancerogenim ćelijama. Korelacija se može odnositi na ili povećanje ili smanjenje iskazivanja gena (npr., povećani ili smanjeni nivoi mRNA ili peptid kodiran od strane gena).
[0073] Termini "oznaka gena matične ćelije raka" ili "oznaka gena matične ćelije tumora" ili "oznaka matične ćelije raka" su ovde korišćeni naizmenično tako da se odnose na oznake gena koje sadrže gene različito iskazane u matičnim ćelijama raka u poređenju sa drugim ćelijama ili populacijama ćelija, na primer normalno epitelno tkivo dojke. U nekim slučajevima, oznake gena matične ćelije raka obuhvataju gene koji su različito iskazani u matičnim ćelijama raka nasuprot normalnog epitela dojke od strane količine promene, na primer od strane 2 količine smanjene i/ili povišene ekspresije, i dalje ograničen primenom statističke analize kao što je, na primer, P vrednost t-testa duž višestrukih uzoraka. U drugom rešenju, drugačije iskazani geni u matičnim ćelijama raka su podeljeni u oznake gena matične ćelije raka zasnovane na uzajamnoj vezi njihovih ekspresija sa izabranim genom u kombinaciji sa njihovim preklopima ili procentom iskazane promene. Oznake matičnih ćelija su predvidljive i retrospektivno i prospektivno sa aspekta kliničke promenjljivosti, uključujući, ali nije ograničen na, metastazu i smrt.
[0074] Termin "genetički test" kao što je ovde korišćeno se odnosi na postupke pri čemu je genetička promena pacijenta ili uzorka tumora kod pacijenta analizirana. Analiza može obuhvatati detekciju DNK, RNK, hromozoma, proteina ili metabolita da detektuju nasledne ili somatske genotipe ili karotipe povezane sa oboljenjem za kliničke svrhe.
[0075] Kao što je ovde korišćeno, termini "biopsi" ili "biopsi tkivo" se odnose na uzorak tkiva ili tečnosti koja je uklonjen iz subjekta za svrhe određivanja da li uzorak sadrži kancerogeno tkivo. U nekim slučajevima, biopsi tkivo ili tečnost je dobijeno zbog toga što se sumnja da subjekat ima rak. Biopsi tkivo ili tečnost je potom ispitano na prisustvo ili odsustvo raka.
[0076] Kao što je korišćeno ovde, termin "subjekat" se odnosi na bilo koju životinju (npr., sisar), koji obuhvata, ali nije ograničen na ljude, ne-humane primate, glodare, i slično, koji predstavljaju primaoce određene terapije. Obično, termini "subjekat" i "pacijent" su korišćeni naizmenično ovde kao referenca za ljudske subjekte.
[0077] "Farmaceutski prihvatljiv" se odnosi na dozvoljene ili dozvoljavajuće od strane regulacione agencije Federalne ili državne uprave ili su navedene u U.S. Farmakopeji ili drugoj opštoj priznatoj farmakopeji za primenu na životinje, uključujući ljude.
[0078] "Farmaceutski prihvatljivi ekscipijent, nosač ili adjuvans" ili "prihvatljivi farmaceutski nosač" se odnosi na ekscipijent, nosač ili adjuvans koji mogu biti primenjivani na subjekat, zajedno sa bar jednim antitelom predmetnog pronalaska, i koji neuništava njihovu farmakološku aktivnost i nije toksičan kada se primenjuje u dozama dovoljnim da se dostavi terapeutska količina antitela. Dodatno, "farmaceutski prihvatljivi nosač" ne aktivira imuni odgovor u prijemnom subjektu. Primeri obuhvataju, ali nisu ograničeni na, bilo koje standardne farmaceutske nosače kao što je fosfatni pufer slanog rastvora, voda, i razne uljne/vodene emulzije. Neki razređivači aerosola ili parenteralne primene su fosfatni puferni slani rastvor ili normalni slani rastvor (0.9%).
[0079] "Farmaceutski prihvatljivi nosač" se odnosi na razblaživače, adjuvanse, ekscipijense, ili nosače gde je bar jedno antitelo predmetnog pronalaska primenjivano.
[0080] Termin "efikasna količina" ili "terapeutski efikasna količina" ili "terapeutski efikasna" se odnosi na količinu antitela, polipeptida, polinukleotida, malog organskog molekula, ili drugi lek efikasan da "leči" oboljenje ili poremećaj kod subjekta ili sisara. U slučaju raka, terapeutski efikasna količina leka ima terapeutski efekat i kao takav može smanjiti broj ćelija raka; smanjiti kancerogenost, učestalost kancera ili kapacitet kancera; smanjiti broj ili učestalost matičnih ćelija raka; smanjiti veličinu tumora; inhibirati ili zaustaviti infiltraciju ćelije raka u periferne organe koji obuhvataju, na primer, širenje raka u meko tkivo i kosti; inhibira i zaustavlja metastazu tumora; inhibira i zaustavlja rast tumora; otkriva neki obim jednog ili više simptoma povezani sa rakom; smanjuje morbiditet i mortaliter; poboljšava kvalitet života; ili kombinaciju takvih efekata. U meri agensa, primer antitela, sprečava rast i/ili ubija postojeće ćelije raka, može da se odnosi kao citostatički i/ili citotoksični.
[0081] Termini kao što su "lečenje" ili "terapija" ili "da leči" ili "ublažava" ili "da ublažava" se odnose i na 1) terapeutska merenja koja leče, usporavaju, smanjuju simptome, i/ili zaustavljaju napredovanje dijagnostikovanog patološkog stanja ili poremećaja i 2) profilaktička ili preventivna merenja koja sprečavaju ili usporavaju razvoj ciljanog patološkog stanja ili poremećaja. Tako onima kojima je potrebno lečenje obuhvata ona koja su već sa poremećajem; onih koji su skloni da imaju poremećaj; i onih kojima će poremećaj biti sprečen. Subjekat je uspešno "lečen" prema postupcima predmetnog pronalaska ako pacijent pokazuje jedan ili više navedenog: smanjenje broja ili potpuno odsustvo ćelija raka; smanjenje u veličini tumora; inhibicija ili odsustvo infiltracije ćelije raka u periferne organe koji obuhvataju širenje raka u meko tkivo ili kosti; inhibicija ili odsustvo metastaze tumora; inhibicija ili odsustvo rasta tumora; ublažavanje jednog ili više simptoma koji su povezani sa određenim rakom; smanjenje morbiditeta i mortaliteta; poboljšanje kvaliteta života; smanjenje kancerogenosti; smanjenje u broju ili učestalosti matičnih ćelija raka; ili neke kombinacije efikasnosti.
[0082] Kao što je ovde korišćeno, termini "polinukleotid" ili "nukleinska kiselina" se odnose na polimer sastavljen od mnoštvo nukleotidnih jedinica (ribonukleotid ili deoksiribonukleotid ili srodne strukturne varijante) povezane preko fosfodiestarskih veza, uključujući ali nije ograničen na, DNK ili RNK. Termin obuhvata sekvence koje obuhvataju bilo koje poznate osnovne analoge DNK i RNK.
[0083] Termin "gen" se odnosi na nukleinsku kiselinsku (npr., DNK) sekvencu koja obuhvata kodiranje sekvenci neophodne za proizvodnju polipeptida, prekursora, ili RNK (npr., rRNK, tRNK). Polipeptid može biti kodiran sa punom dužinom kodirajuće sekvence ili sa bilo kojim delom kodirajuće sekvence toliko dugo do god željene aktivnosti ili funkcionalne osobine (npr., enzimska aktivnost, vezivanje liganda, signalna transdukcija, imunogeničnost, itd.) polipetida pune dužine ili fragmenta su zadržane. Termin takođe obuhvata kodirajuću regiona strukturnog gena i sekvence locirane u susedstvu kodirajućeg regiona na oba 5’ i 3’ kraja na razdaljini od 1 kb ili više na oba kraja tako da gen odgovara dužini mRNK pune dužine. Termin "gen" odgovara i cDNK i genomskim oblicima gena.
[0084] Termin "rekombinantan" kada se koristi sa referentnom ćelijom, nukleinskom kiselinom, proteinom ili vektorom pokazuje da je ćelija nukleinska kiselina, protein ili vektor modifikovan ubacivanjem heterogene nukleinske kiseline ili proteina, promena nativne nukleinske kiseline ili proteina, ili da je ćelija izvedena iz ćelije tako da modifikuje. Prema tome, npr., rekombinantni ćelijski ekspresioni geni koji nisu pronađeni unutar prirodnog (ne-rekombinantnog) oblika ćelije ili ekspresionih nativnih gena koji su previše iskazani ili drugačije iskazane abnormalnosti kao što je, na primer, izražen kao ne-prirodni prikazani fragmenti ili podeljene varijante. Pod terminom "rekombinantna nukleinska kiselina" ovde se podrazumeva nukleinska kiselina, originalno obrazovana in vitro, uopšteno, manipulacijom nukleinske kiseline, npr., primenom polimeraze i endonukleaze, u obliku koji nije uobičajeno pronađen u prirodi. Na ovaj način, postignuto je operativno vezivanje različitih sekvenci. Stoga izolovana nukleinska kiselina, u linearnom obliku, ili ekspresioni vektor obrazovan in vitro sa vezujućim DNK molekulima koji nisu normalno povezani, se smatraju rekombinantnim za svrhu ovog pronalaska. Shvaćeno je da je jednom rekombinovana nukleinska kiselina napravljena i ubačena u ćeliju domaćina ili organizam, repliciraće ne-rekombinantno, odn., primenom in vivo ćelijske mašinerije ćelije domaćina radije nego in vitro manipulacija; međutim, takve nukleinske kiseline, jednom proizvedene rekombinantno, iako zatim zamenjen ne-rekombinantno, se još uvek smatraju rekombinantno za svrhu pronalaska. Slično, "rekombinantni protein" je protein napravljen primenom rekombinantnih tehnika, odn. kroz ekspresiju rekombinantne nukleinske kiseline kao što je prikazano ovde.
[0085] Kao što je odve korišćeno, termin "vektor" je korišćen kao referenca za molekule nukleinske kiseline koja prenosi DNK segment(e) iz jedne ćelije u drugu. Vektori su često izvedeni iz plazmida, bakterofaga, ili biljnih ili životinjskih virusa.

[0086] Kao što je ovde korišćeno, termin "genska ekspresija" se odnosi na postupak konvertujuće genetske informacije koja kodira u genu u RNK (npr., mRNK, rRNK, tRNK, ili snRNA) kroz "transkripciju" gena (npr., preko enzimske aktivacije RNK polimeraze), i za protein kodirajuće gene, u protein putem "translacije" mRNK. Ekspresija gena može biti regulisana u mnogim fazama u postupku. "Gornja regulacije" ili "aktivacije" se odnosi na regulaciju koja povećava proizvodnju proizvoda genske ekspresije (npr., RNK ili protein), dok "donja regulacija" ili "suzbijanje" se odnosi na regulaciju koja smanjuje proizvodnju. Molekuli (npr., transkripcioni faktori) koji su uključeni u gornju regulaciju ili donju regulaciju se često nazivaju "aktivatori" i "suzbijači", respektivno.
[0087] Termini "polipeptid" ili "peptid" ili "protein" ili "fragment proteina" su korišćeni naizmenično ovde tako da se odnosi na polimer amino kiselinskog ostatka. Termini se primenjuju na amino kiselinske polimere gde je jedan ili više amino kiselinskih ostataka veštački hemijski mimetik odgovarajuće prirodne prikazane amino kiseline, kao i prirodnih prikazanih amino kiselinskih polimera i ne-prirodnih prikazanih amino kiselinskih polimera.
[0088] Termin "amino kiselina" se odnosi na prirodno prikazane sintetičke amino kiseline, kao i amino kiselinske analoge i amino kiselinske mimetike koji funkcionišu slično prirodno prikazanim amino kiselinama. Prirodno prikazane amino kiseline su one koje kodiraju genetički kod, kao i one amino kiseline koje su kasnije modifikovane, npr., hidroksiprolin, gamakarboksiglutamat, i O-fosfozerin. "Amino kiselinski analozi" se odnose na jedinjenja koja imaju istu baznu hemijsku strukturu kao prirodno prikazane amino kiseline, npr., alfa karbon koji je vezan za vodonik, karboksilnu grupu, amino grupu, i R grupu, npr., homoserin, norleucin, metionin sulfoksid, metionin metil sulfonijum. Takvi analozi mogu imati modifikovane R grupe (npr. norleucin) ili modifikovane peptidne bočne veze, ali zadržavaju istu osnovnu hemijsku strukturu kao prirodno prikazana amino kiselina. "Amino kiselinski mimetici" se odnose na hemijska jedinjenja koja imaju strukturu koja se razlikuje od opšte hemisjke strukture amino kiseline, ali koje deluju slično prirodno prikazanim amino kiselinom.
[0089] "Konzervativne modifikovane varijante" se primenjuju i na sekvence amino kiseline i nukleinske kiseline. "Amino kiselinske varijante" se odnose na sekvence amino kiseline. U pogledu na posebne sekvence amino kiseline, konzervativne modifikovane varijante se odnose na one amino kiseline koje ne kodiraju sekvencu amino kiseline, do bitnih ili povezanih (npr., prirodno graničnih) sekvenci. Zbog degeneracije genetičkog koda, veliki broj funkcionalno identičnih nukleinskih kiselina kodira većinu proteina. Na primer, kodoni GCA, GCC, GCG i GCU svi kodiraju amino kiselinu alanin. Prema tome, na svakoj poziciji gde je alanin određen sa kodonom, kodon može biti izmenjen u druge odgovarajuće kodone opisane bez promene kodiranog polipeptida. Takve varijante amino kiseline su "tihe varijante", koje predstavljaju jednu vrstu konzervativnih modifikovanih varijanti. Svaka sekvenca amino kiseline ovde koja kodira polipeptid takođe opisuje tihe varijante nukleinske kiseline. Prepoznatljivo je da u izvesnim kontekstima svaki kodon u nukleinskoj kiselini (osim AUG, koji predstavlja uobičajeni jedini kodon za metionin, i TGG, koji predstavlja obično jedini kodon za triptofan) može biti modifikovan kako bi dao funkcionalni identični molekul. Prema tome, tihe varijante nukleinske kiseline koje kodiraju polipeptid je impliciran u opisanu sekvencu u odnosu na ekspresioni proizvod, ali ne u odnosu na aktualne ispitivane sekvence.
[0090] Što se tiče amino kiselinskih sekvenci, biće prepoznatljivo da pojedinačne supstitucije, brisanja ili dodavanje na sekvencu nukleinske kiseline, peptida, polipeptida, ili proteina koja preinači, dodaje ili briše pojedinačnu amino kiselinu ili mali procenat amino kiselina u kodiranoj sekvenci je "konzervativna modifikovana varijanta" koja obuhvata gde se promena dešava u supstituciji amino kiseline sa hemijski sličnom amino kiselinom. Konzervativne supstitucijone tabele koje obezbeđuju funkcionalno slične amino kiseline su dobro poznate u tehnici. (Videti, na primer, Tabelu 1). Vodič koji se odnosi koja će amino kiselinska promena verovatno biti fenotipično tiha se takođe može pronaći u Bowie et al., 1990, Science 247:1306 1310. Takve konzervativno modifikovane varijante su pored i ne isključuju polimorfne varijante, intervrsne homologe, i alela pronalaska. Obično, konzervativne supstitucije obuhvataju: 1) Alanin (A), Glicin (G); 2) Aspartinsku kiselinu (D), Glutaminsku kiselinu (E); 3) Asparagin (N), Glutamin (Q); 4) Arginin (R), Lizin (K); 5) Izoleucin (I), Leucin (L), Metionin (M), Valin (V); 6) Fenilalanin (F), Tirozin (Y), Triptofan (W); 7) Serin (S), Treonin (T); i 8) Cistein (C), Metionin (M) (videti, npr., Creighton, Proteins (1984)). Kao što je ukazano, promene su obično neznatne prirode, kao što su supstitucije konzervativne amino kiseline koje značajno ne utiču na savijanje ili aktivaciju proteina.
Tabela 1. Konzervativne Amino Kiselinske Supstitucije

Original Amino Kiseline

Primeri Konzervativnih Supstitucija

Alanin

Valin, Isoleucin, Leucin, Glicin, Serin

Arginin

Lizin, Histidin, Glutamin, Asparagin

Asparagin

Glutamin, Histidin, Lizin, Arginin

Aspartinska Kiselina

Glutaminska Kiselina, Asparagin

Cistein

Serin, Alanine, Metionin

Glutamin

Asparagin

Glutaminska Kiselina

Aspartinska Kiselina, Glutamin

Glicin

Prolin, Alanin

Histidin

Asparagin, Glutamin, Lizin, Arginin

Izoleucin

Leucin, Valin, Metionin, Alanin, Fenilalanin, Norleucin

Leucin

Norleucin, Izoleucin, Valin, Metionin, Alanin, Fenilalanin

Lizin

Arginin, Glutamin, Asparagin, Histidin

Metionin

Leucin, Fenilalanin, Izoleucin, Valin, Cistein

Fenilalanin

Leucin, Valin, Izoleucin, Alanin, Tirozin

Prolin

Alanin, Glicin

Serin

Treonin

Treonin

Serin

Tritofan

Tirozin, Fenilalanin

Tirozin

Triptofan, Fenilalanin, Treonin, Serin

Valin

Izoleucin, Metionin, Leucin, Fenilalanin, Alanin, Norleucin


Yüklə 344.06 Kb.

Dostları ilə paylaş:
1   2   3   4   5   6   7   8   9




Verilənlər bazası müəlliflik hüququ ilə müdafiə olunur ©azrefs.org 2020
rəhbərliyinə müraciət

gir | qeydiyyatdan keç
    Ana səhifə


yükləyin