Toprak mikrobiyolojiSİ




Yüklə 223.93 Kb.
səhifə1/5
tarix22.04.2016
ölçüsü223.93 Kb.
  1   2   3   4   5
TOPRAK MİKROBİYOLOJİSİ
Yeryüzünde farklı iklim koşulları altında oluşmuş çeşitli toprak tipleri, özellikleri bakımından birbirinden farklı canlı kompozisyonu gösterirler. Bitkiler, mikroorganizmalar, omurgalı-omurgasız toprak hayvanları bulundukları toprak ortamı içerisinde karmaşık ekolojik ilişkiler içindedirler. Toprak canlılarının hem kendileri hem de toprakla ilişkileri, çeşitli toprak özelliklerini tayin eder.

Toprak sadece kum, silt ve kil gibi mineral parçacıklarından ve çeşitli ayrılma fazındaki organik maddelerden oluşmaz. Topraklarda hem mikroskobik hem de makroskobik boyutlarda karmaşık bir canlılar dünyası bulunmaktadır. Çok sayıda bakteri, mantar, alg, virüs, protozoa gibi organizmalarla birlikte mikroskobik boyutlarda omurgasızlardan omurgalılara kadar değişen toprak canlıları karmaşık bir etkileşim içindedirler. Toprak bu canlılar için bir yaşam ortamıdır. Barındırdığı bu canlılar, toprağın gelişmesinde, fiziksel-kimyasal özellikleri ve verimliliği üzerine büyük rol oynarlar. Bunlar olmadan toprağın oluşumu ve işlevlerini yerine getirmesi mümkün değildir. Mikroorganizmalar, toprak faunasının işbirliği ile çeşitli hayvan ve bitki kalıntılarını ayrıştırarak içerdikleri mineral maddelerinin açığa çıkmasını sağlarlar. Bu esnada oluşturdukları metabolitler ve ana ürünler ile toprağa yoğun bir biyokimyasal özellik kazandırırlar. Bu aktiviteler sonucu oluşan son ürünlerden çeşitli varlıklar öncelikle de bitkiler yararlanırlar. Böylece doğal yaşam süreçleri işlevini sürdürür.

Toprak verimliliği, topraktaki organizma faaliyetleri ve oluşturdukları reaksiyonların yönü ile çok yakından ilgilidir. Bitkilerin ihtiyaç duyduğu C, N, P, S, Fe, Mg gibi elementler, mikroorganizmalar vasıtasıyla çeşitli sentez ve analizler sonunda onlara yararlı şekle çevrilir. Mikroorganizmalar bu tür işlemleri kendi besin ve enerji gereksinimlerini sağlarken oluştururlar. Örneğin azot fiksasyonu; mikroorganizmalar havanın serbest azotunu (elementel azot=N2=dinitrojen) tutarak bitkilerin kullanabileceği şekle çevirirler. Ya da bitki ve hayvan doku kalıntılarını ayrıştırarak bünyelerinde tutulan karbonu CO2 şeklinde açığa çıkarırlarken, diğer bazı besin elementleri de bu mineralizasyon süreci sonunda serbest hale geçerler.

Topraktaki çeşitli mikroorganizmalar bazı salgıları ve filamentleriyle, toprak taneciklerinin daha iri partiküller halinde bağlanmasına neden olurlar. Bu partiküller toprak yaşamı, toprağın canlılığı, açısından önemli olup, toprağın erozyondan korunmasından, toprak neminin korunmasına, toprak reaksiyonlarının seyrine kadar birçok toprak olayını etkiler.

Toprak mikroorganizmaları ve diğer bazı makroskobik canlılar toprağın verimliliğini arttırdıklarından özellikle doğal ekosistemlerde vejetasyonun gelişmesini sağlar. Toprağı rüzgar ve su erozyonundan korurlar. Toprak mikroflorasının toprak verimliliğini arttırdığı biliniyorsa da özellikle kültür topraklarında bitki, hayvan ve hatta insanlar için zararlı mikroorganizmalar da bulunabilir. Bunlar uygun ortam bulduklarında hastalık etkeni olurlar. Toprakta bulunan bazı mikroorganizmalar da diğer canlıların gelişmesini engelleyici rol oynayabilirler. Örneğin bazı bakteri ve mantarların oluşturdukları antibiyotik, bakteriosin, alkol ve organik asitler çeşitli toprak mikroorganizmalarının üremelerini engelleyebilir.
Ekosistem Olarak Toprak

Toprağın mineral ve organik madde fraksiyonları karasal ekosistemlerde cansız çevreyi (abiotik) oluşturur. Yani toprak bileşenleri büyük bir sistemin alt sistemleridir. Toprak ekosistemi standart bir karasal ekosistemden bazı farklılıklar gösterir. Örneğin karasal ekosistemlerde üreticiler, ekosistemin en önemli unsurlarından biri olduğu halde, toprak ekosistemlerinde nispeten önemsizdirler. Algler tek başına toprak ekosisteminde fotosentetik organizmaların temsilcisidirler. Dolaysıyla toprak ekosistemi önemli miktarda güneş enerjisini absorblama yeteneğinde değildir. Bu nedenle dışarıdan enerjice zengin bileşiklere ihtiyaç duyulur. Bu tür maddeler ise bitki ve hayvan kalıntılarıdır.

Toprak organizmaları arasında birkaç üretici olmasına rağmen diğer ana bileşenleri tüketiciler, ayrıştırıcılar ve cansız maddelerdir. Topraklarda çok çeşitli hayvan grupları da bulunur (yer solucanı, nematod, akarlar, kollemboller).

Genellikle toprak biyokütlesi (bioması) ve bağımsız mikroorganizma gruplarının sayısı toprak profili boyunca derinliğine azalır. Bazı istisnai durumlar da görülebilir. Asidik orman topraklarında yüzeyde bulunan döküntü katmanının asitliği nedeniyle genel sayısal dağılım azalırken, aside dayanıklı organizmaların sayısında artış görülür. Organizmaların toprak yüzeyinde yoğunlaşmalarının nedeni, bu organizmalara enerji sağlayan maddelerin büyük ölçüde toprak yüzeyi yakınında bulunmasındandır.

Topraklar orijinal şekilleri bozulmadan incelendiğinde katı maddeler ve bunlar arasındaki boşluklar sisteminden oluştuğu görülür. Bu boşluklar sistemi içinde belirli miktarlarda hava ve su bulunur. Genel olarak toprak hacminin %50’si boşluklardan, diğer yarısı da katı fazdan oluşur. Katı kısmın %45’i inorganik, %5’i ise organik maddelerden oluşur. Organik kısmı bitki ve hayvan dokuları ile bunların ayrışma ve sentez ürünlerinden oluşan bir kollodial toprak organik maddesi olan humus teşkil eder. Topraktaki organik kısmın geriye kalanını toprak canlıları kapsar. Toprak mikroorganizmalarının tümü edafon olarak bilinir.

Toprağın üstünde ya da içinde biriken her türlü bitkisel ve hayvansal kalıntı birtakım karmaşık işlemlerle mikroorganizmalar tarafından ayrıştırılır. Bunun sonucunda başlangıçtaki maddelerinden fiziksel ve kimyasal olarak çok farklı bir organik madde açığa çıkar. Kolloid, amorf ve koyu renkli kompleks bir bileşik olan bu toprak maddesine humus denir. Bu kompleks karışımda küçük düzeyde suda çözünebilir organik maddeler (aminoasitler, şekerler) bulunur. Humusun büyük bir kısmı suda çözünmeyen, koyu renkli maddelerden oluşur. Bu kısım 3 fraksiyona ayrılır;



1. Hümik asitler: Bunlar alkali çözeltilerle ekstrakte edilip asitle çöken kısım

2. Fülvik asitler: Alkali çözelti ile ekstrakte edilip, asitlerle çözünen kısım

3. Hümin maddeler: Alkali ile ekstrakte edilemeyen maddeler
Çeşitli Toprak Parametrelerinin Mikroorganizmalarla İlişkisi

1. Toprak nemi

Yağmur suları topraktan yıkandıktan sonra toprak porları yeniden havayla dolar. Drenajı takiben toprak nemi, toprak partiküllerinin tutma kuvveti ile yerçekimi arasında oluşan denge sonucu daha stabil hale gelir. Gerek bitki gerekse mikroorganizmaların ideal nem koşullarını gösteren bu denge düzeyine tarla kapasitesi denir. Toprak kurudukça içerdiği nem, bitki ve pek çok mikroorganimanın yararlanamayacağı bir düzeye kadar azalır ki bu noktaya solma noktası denir. Mikrobiyal hücrelerin çoğu toprağın kuruması sırasında ölmektedir. Ancak bu koşullara dayanıklı olan türler ortamda kalabilmektedir. Mikroorganizmalar kuraklığa karşı farklı direnç ve tepki gösterirler. Örneğin Bacillus cereus mycoides optimum gelişmesini toprakta 20-40 µm su filmi kalınlığında yapabilmektedir.



2. Toprak Porları

Toprak partikülleri arasındaki boşluklar yani porlar toplamı toprak hacminin hemen hemen yarısını kaplar. Bitki örtüsü ve toprağa yapılan uygulamalar toprağın por hacmini etkiler. Porların büyüklükleri topraktaki hayvan ve mikroorganizmaların gelişimi ve dağılımını etkiler. Por büyüklüğü bakteri ve aktinomiset’lerden ziyade mantarlar üzerinde daha çok etkilidir. Örneğin Pythium ultinum 2,7-200 µm por çapında vejetatif gelişmesini gerçekleştirebildiği halde eşeysel çoğalmasının 15 µm por çapında azaldığı gözlenmiştir. Mikroorganizmalar porlar içinde bulunduğu kadar partiküllerin birleşmesiyle oluşan toprak kümelerinin (agregatların) içinde de bulunabilir. Toprak agregatlarının (topak-küme) oluşumunda çeşitli türden mikroorganizmalar rol oynarlar.



3. Toprak Havası

Mikroorganizmalar, toprak havasındaki gazların konsantrasyonlarının değişimine çok farklı tepkiler gösterirler. Bazı bakteriler kuvvetli anaerob olduklarından oksijen varlığında gelişemezler (Örnek: Clostridium botulinum). Bunun aksine Pseudomonas flourescens ve aktinomiset’lerin çoğu kuvvetli oksijenli koşulları tercih ederler. Toprak havasının bileşimi atmosferdekinden oldukça farklıdır. Bitki kökleri ve diğer canlıların O2 tüketip, CO2 üretmeleri nedeniyle toprak havası %0,17-0,25 arasında CO2 içerir. Halbuki havada bu oran %0,03’tür. Nemli topraklarda O2 difüzyonunun azalmasından dolayı mikrobiyal aktivitenin yoğunluğuna bağlı olarak kısa süreler için CO2 düzeyi %10’u aşabilir. Bir vejetasyon süresi içerisinde toprakta oluşan CO2 miktarı 12 000 kg/ha’dır. Bu miktarın 2/3 mikroorganizmaların, 1/3 ise bitki köklerinin faaliyeti sonucu oluşmaktadır.

Toprak havası, su buharı ile doygun olup, ayrıca mikrobiyal aktivite sonucu oluşan amonyak, metan ve diğer uçucu maddeleri de içerir. Bunlar toprak suyunda çözünmüş halde de bulunurlar. Havalanmanın uygun olmadığı koşullarda, bitkilerin biyolojik aktiviteleri azaldığından azot ve kükürt bakterilerinin gelişimi engellenmektedir.

Anaerob koşullarda yaşayan mikroorganizmaların metabolik faaliyetleri sonucu toprakta diğer canlılar için toksik nitelikli maddeler oluşmaktadır.

Örneğin; karbon mineralizasyonu sonucu CO2 yanında çeşitli organik asitler (süt asidi, yağ asidi, limon asidi vs.) oluşmakta ve CH4, H2S gibi fitotoksik maddeler ortaya çıkmaktadır. Bu metabolitler ile oksijen yetmezliğinin oluşturduğu olumsuz koşullarda bitki kök gelişimi azalmakta ve buna bağlı su ve besin maddesi alımının azalmasından kaynaklanan gelişim bozuklukları ortaya çıkmaktadır.

Bazı toprak mikroorganizmaları ise aerob olmalarına karşın düşük O2 basıncı düzeylerinde iyi gelişebilmektedir. Bu tür organizmalara mikroaerofil organizmalar denir. Topraklarda ortaya çıkan anaerobik koşullarda nitrat ve fosfatlar gibi yarayışlı besin maddeleri azalarak sülfitler ve 2 değerli indirgenmiş Fe gibi maddelerde artış görülür. Topraklarda aerobik ve anaerobik koşullar çok dar bir ayırım gösterir. Bazı durumlarda aerob metabolizmadan anaerob metabolizmaya dönüşüm görülür. Örneğin; aerob koşullarda topraklardaki selüloz ayrışması CO2 ve H2O oluşumu ile sonlanırken, anaerobik koşullarda asetik ve formik asit gibi organik asitler birikir.

Bitkilerin kök bölgelerinde topraktaki yapısal bozulma nedeniyle ortaya çıkan anaerobik cepler çeşitli olumsuz etkiler yaratır. Bunlar;


  • Bitkilerdeki fizyolojik olaylarda O2 yetersizliği

  • Bitki gelişimini etkileyen faktörlerde değişim

  • Bitki kök bölgelerinde fitotoksik maddeler oluşturan patojen ve saprofit populasyonlarda değişim

Toprak porları bloke olduğunda, kök çevresindeki aktif mikrobiyal metabolizma ya da bitki kalıntılarının ayrışması bu ceplerde O2 yokluğuna neden olur.

Topraktaki organik maddeler, inorganik partiküller ve mikroorganizmaların etrafını sarar. Bu maddeler yapıştırıcı özellikte olduklarından mikroorganizmalar toprak strüktürünün ana oluşumcularıdır.

Toprakta oluşan agregatlar ve bunların oluşturduğu por büyüklükleri toprak havalanmasında son derece önemlidir. Porların bir kısmı kapalı olduğu halde açık olanlar gaz difüzyonuna imkan sağlar. Suyun varlığı ve miktarı porlardaki faz oranını etkiler.

Topraktaki suya dirençli agregatların artışı toprak biyokütlesinin artışına paralel olarak artar. Bakteri ve mantarlar bu özelliği artırırken Mucor heamalis gibi toprak mantarlarının hifleri agregasyonu önlemektedir.



  • Laterit: Tropik iklimlerde kırmızı renkli topraklar. Bol yağış ve sıcaklık nedeniyle SiO2 kaybolmakta, buna karşılık Al ve FeO2‘ler şiddetli buharlaşma nedeniyle üst horizonlarda birikmektedir. Bu topraklar granit ana maddesinden oluşur (Fe, Al ↑).

  • Podzal: İklimin soğuk ve yağışlı olduğu ve ölü örtünün asidik olduğu yetişme ortamlarında ölü örtü ayrışması güçleşir ve mineral toprak üstünde kalın bir organik madde tabakası oluşur. Bu tabakadaki humus asitleri ve organik asitlerle Fe ve AlO2’ler aşağı doğru yıkanır ve kül renkli bir horizon meydana gelir (Fe, Al ↓).

Şist: Yaprak halinde parçalanan kaya.

  • Çernozyon: Kara topraklar. Yeterli nem ve uygun sıcaklık koşullarının humus oluşumu ve mineral ayrışmasını ilerlettiği fakat aşırı yıkanmanın olmadığı koşullarda oluşur. Düşük yağışlı çayır, step, preri bölgelerinin topraklarıdır.


Tarla Kapasitesi: Toprak suyla doygun hale geldikten sonra toprak taneciklerinin yerçekimine karşı tuttuğu su miktarı.

4. Toprak Strüktürü

Toprağı oluşturan kum, silt ve kil gibi inorganik bileşenlerin büyüklüğü mikroorganizmalar ve bitki kökleriyle ilişkilidir. Kül partikülleri büyüklük bakımından bakteriyel hücrelere benzemekle beraber çok daha küçük de olabilirler.



İnorganik bileşikler Çapları (µm)

Kum 50-200

Silt 2-50

Kil 2


Mikroorganizmalar

Bakteri 0,5-1,0

Aktinomycetes 1,0-1,5

Mantar 0,3-10

Killer ve mikrobiyal hücreler arasında karşılıklı etkileşimler mevcuttur. Bakterilerin çoğunluğu ve kil mineralleri elektronegatif özellikler gösterirler. Toprak bakterileri sadece kil partikülleri ile etkileşim halindedir. Çünkü her ikisinin de üzerindeki yükler polarize olarak veya metal iyonları ile köprüler kurarak etkileşirler. Killer mikroorganizmalara yapıştıklarında onların aktiviteleri üzerine çok değişik etkiler yapar.

5. Toprak Reaksiyonu ve Mikroflora

Toprak pH’sı besin iyonlarının topraktaki davranışları (çözünürlük, yarayışlılık, toksisite vd.) topraktaki enzimatik ve mikrobiyal reaksiyonların yönünü etkilemesi açısından en önemli toprak özelliğidir. Mikrobiyal sitoplazmanın pH düzeyi yaklaşık olarak nötraldir. Bu nedenle toprak mikroorganizmaları en iyi pH 7 civarında gelişme gösterirler. Ancak istisnai durumlarda mevcuttur. Örneğin Thiobacillus bakterileri pH 6 düzeyinde yaşayabilen asidofilik organizmalardır.

Genel olarak toprak bakteri ve aktinomisetleri asit koşullara karşı mantarlardan az töleranslıdır. Mantarların pekçok türü podzal topraklar gibi asit koşullarda (pH 3) gelişebilir ve dominant florayı oluşturabilir.

Topraklarda küçük partiküller çevresindeki pH koşulları toprağın genel pH’sından biraz farklı olabilir. Örneğin; negatif yüklü kolloidal kil partikülleri etraflarında H+ iyonları ve mikroorganizmalar tarafından salınan enzimleri adsorbe ederek toprak çözeltisinden daha düşük bir pH oluşumuna neden olurlar. Bunun terside olabilir. Örneğin; organik madde parçacıkları etrafında amonyağın tutulması nedeniyle bunların çevresinde pH artışı olabilir.



6. Toprak Sıcaklığı

Toprak organizmaları güneş ışıması, toprak rengi, topoğrafya, yön, bitki örtüsü, toprak-su bilançosu gibi faktörlere bağlı olarak ortaya çıkan sıcaklık faktörü ile yakından ilgilidirler.

Doğada cereyan eden bütün biyolojik, kimyasal ve fiziksel olaylar belirli enerji dönüşümleri sonucunda meydana gelir. Belirli sıcaklık derecesi özellikle biyolojik varlıkların optimum gelişmesi için gereklidir. Toprakta yaşayan bazı bakteri türlerinin aktiviteleri sıcaklıkla yakından ilgilidir. Örneğin; azot döngüsünde nitrifikasyon bakterilerinin optimal faaliyetleri 25-30 0C arasında olup, bu derecelerin 4,5-5 0C altına düşmesi ile aktiviteleri durur. Toprak faunasının da aktivitesi ve gelişmesi toprak sıcaklığıyla yakından ilgilidir.

Toprak mikroorganizmaları optimum gelişme bakımından mezofil (gelişme optimumu 25-37 0C) karekterdedir (psikrofil 5 0C’nin altında, mezofil 25-37 0C, termofil 55-65 0C optimum olanlar). Ancak çok değişik tiplerine de rastlanır. Örneğin birçok topraktan termofilik organizmaları izole etmek mümkün olabildiği gibi eksterm düzeyde soğuk topraklarda mezofilik organizmalara rastlamak mümkündür. Toprak sıcaklığı mikrofloranın genel metabolik aktivitesine belirgin bir etki yapmakla beraber çoğunlukla öldürücü etki yapmaz. Toprak organizmalarının toprak profilindeki durumları ve toprak üstündeki iklim koşulların etki derecesini belirleyen faktörlerdir.



Canlılar Alemi
Hayvanlar Bitkiler Protistler
Prokaryotlar Ökaryotlar

Bakteriler Algler

Mavi Algler Mantarlar

Protozoa’lar



Toprak Organizmaları

Toprak mikroorganizmalarının tümü edafon olarak bilinir. Organizasyon niteliklerine bakılmaksızın toprak biotası aşağıdaki bölümlere ayrılabilir;



  • Mikrobiota: Algler, protozoa, mantar ve bakteriler.

  • Mezobiota: Nematod’lar, küçük arthropod’lar ve enchytroeid (saksı) kurtları, kollemboller.

  • Makrobiota: Yer solucanları, yumuşakçalar, büyük enchytroeid’ler ve arthropod’lar.

Toprak Canlıları (Edafon)

Toprak Faunası Toprak Florası

Protista (Mikroorganizmalar)


Çok Hücreliler Tek Hücreliler (Metazoa) (Protozoa) Yüksek Protistler Alçak Protistler

(Eukaryotlar) (Prokaryotlar)

Mantar Alg Bakteri Mavi

ve Algler

Aktinomisetler

Toprak mikroorganizmaları içinde bakteri ve mantarlar en ilgi çeken organizmalardır. Bunun nedeni karasal ekosistemlerdeki enerji akışı ve besin maddesi aktarımının büyük kısmının bu organizma gruplarınca gerçekleştirilmesinden kaynaklanmaktadır.

Mikroorganizmalar biyolojik organizasyonları nedeniyle bitki ve hayvanlardan ayrı bir grup halinde protista adı altında toplanmıştır. Bu grubun üyeleri tek hücreli veya sönositik (yaşam döngüleri sırasında hücresel strüktüre sahip olduğu dönemler gösteren çok çekirdekli fakat çok hücreli olmayan) veya çok hücreli olduklarında olgun dönemlerindeki bitki ve hayvan dokularının özelliklerinden farklılık gösteren canlılardır.
Protista’ların Sınıflandırılması

Bakteriler

Bu organizmalar topraklarda sayı, faaliyet ve ekolojik etkileri bakımından en önemli grubu oluşturur. Topraktan izole edilen bakteriler iki ana grup altında toplanır;



  1. Yerli organizmalar (otokton, indigenous)

  2. Dıştan gelen organizmalar (allokton)

Yerli populasyonlar komunitelerin biyokimyasal işlevlerine katılan, uzun süre metabolik aktivite göstermeksizin dirençli formlar halinde toprakta barınabilen türlerdir. Allokton türler ise komunite faaliyetlerine önemli düzeyde katılmazlar. Bu organizmalar hava hareketleri, yağış sonucu veya hayvan gübresi, atık çamurlar ve hastalıklı dokular yoluyla ortama girerler ve bir süre ortamda bulunabilirler. Hatta kısa bir süre için çoğalabilirler fakat asla önemli bir ekolojik işlevi olan dönüşüm (transformasyon) ve interaksiyon (etkileşim) göstermezler. Yerli populasyonlar arasında bulunan bazı türler, hızlı yararlanılabilen organik besin maddeleri ilave edildiği zaman hızla gelişen organizmalardır. Bu nedenle toprak uygulamalarına karşı süratle tepki verirler. Bu grup besin kaynakları azaldığı zaman, sayılarını süratle azaltırlar. Diğer bazı yerli populasyonlar ise toprağın organik maddesini, dirençli bitki dokularını ve diğer mikrobiyal hücreleri besin maddeleri daha az yararlanılabilir olduğundan bu tür organizmalar yavaş gelişirler.

Bakteriler, sistematik veya taksonomik esaslara göre sınıflandıralabileceği gibi fizyolojik özelliklerine (beslenme, metabolik özellikleri, enerji kaynakları) ve hücre yapısına göre de sınıflandırılabilir. Morfolojik olarak çubuk şeklinde olanlar en yaygın olanlardır (spiral ve yuvarlak “cocci” olanların yanında). Çubuk bakterilerin bazıları uygun olmayan koşullara dirençlidir. Böyle durumlarda yaşam döngülerinin bir kısmını spor olarak geçiririler. Özellikle çubuk bakterilerinin oluşturdukları endospor bu çevre koşullarına karşı son derece dirençlidir. Bergey’e göre bakterilerin Shizomycetes sınıfına dahil edilirler. Bu sınıfın 13 ordosu bulunmasına rağmen toprakta en çok rastlananları çoğunluk 3 ordo içinde toplanır;



  • Pseudomonales

  • Eubacterioles

  • Myxobacteriales

1. Pseudomonales

Bu grup bakterilerin bir kısmı organik besin maddelerinden yararlanmaksızın karbon gereksinimlerini CO2 özümlemesi ile sağlarlar. Bu işlevde gereken enerji inorganik bileşiklerin oksidasyonuyla sağlanır (kemoototrof veya kemolitotrof). Ototrof yaşayan nitrifikasyon bakterilerinin bir kısmı amonyağı nitrite, diğer bir kısmı da nitriti nitrata oksitleyerek enerji sağlarlar. Hydrogenomonas’lar ise molekül hidrojeni suya çevirerek, kükürt bakterileri de elementel kükürt veya kükürtlü hidrojeni sülfatlara veya sülfirik aside okside ederek yaşarlar. Bu ototrof organizmaların yanında bu ordo içinde organik maddelerin ayrışmasında rol alan Pseudomonas’lar biyokimyasal döngüde önemli bakterilerdir. Bunlar gram negatif, polar kamçılı çubuklardır. Bazı tipleri denitrifikasyonu anaerobik solunum amacı olarak kullanılır. Bu ordoda ayrıca metanı karbon kaynağı olarak kullanan Methanomonas, selülozu ayrıştıran Cellvibrio ve kemolitotrof olarak yaşayan Hydrogenomonas cinsleri sayılabilir.



2. Eubacteriales

Bu ordo çok önemli toprak bakterilerini içeren familyaları kapsar. Bu familyalar içindeki en önemli cinsler; Azotobacter, Rhizobium, Agrobacterium, Chromobacterium sayılabilir. Azotobacter gram negatif, kok ya da çubuk şekilli serbest yaşayan bakteriler olup, atmosfer azotunu kullanabilirler. Rhizobium bakterileri ise simbiyoz yaşayan, aerob, sporsuz çubuk şekilli bakterilerdir. Baklagil köklerinde nodül oluşturan, havanın serbest azotundan yararlanır. Agrobacterium ise gram negatif, sporsuz, kısa çubuklar şeklinde fakültatif anaerob bakterileridir. Agrobacterium radiobacter var. tumefaciens, gal (ağaç uru) oluşturan bir tür olarak bilinir. Bu bakteri suşu Rhizobium legumiosarum bakterisi ile çok yakın bir G-C (guanin-sitozin) ilişkisi gösterir. Bu iki bakteri sadece 3-ketoglikozid üretimi reaksiyonunda birbirinden ayrılır. R. leguminosarum bu reaksiyon bakımından negatiftir. Bu grupta yer alan Chromobacterium ise gram negatif, sporsuz, kısa çubuklar şeklinde olup, fakültatif anaerob ve mor pigment oluşturan bir bakteridir. Bacillus ve Clostridium türleri de toprakta sıkça bulunan mikroorganizmalardır. Bacillus aerob veya fakültatif anaerob, endospor içeren çubuk bakterileridir. Clostridium kuvvetli anaerobik, endospor içeren, moleküler azottan yararlanabilen çubuk şekilli bir toprak mikroorganizmasıdır. Bitki döküntülerinin ayrışması bakımından pektinolitik ve selolitik türler önemli olup, Clostridium felsinum bunlara bir örnektir. Selülotik Clostridium’lar mesofil ya da termofil olarak gruplanabilirler. Her iki gruba ait üyeler selülozu hidrojen, CO2 ve organik asitlere ayrıştırırlar. Termofil türler toprakta ve ayrışan bitki dokuları üzerinde çoğunlukla bulunmamakla birlikte mesofilik türlerin asıl habitatı otçul hayvanların sindirim sistemleridir.



Eubacteriales

Azotobacteraceae

Azotobacter chrococcum

A. agilis

A. indicus

Rhizobiaceae

Rhizobium meliloti

R. leguminosarum

R. phseoli

R. trifoli

R. lupini

R. japonicum

Agrobacterium

Chromobacterium

Achromobacteriaceae

Achromobacter

Flavobacterium

Micrococcaceae

Micrococcus

Sarcina

Corynebacteriaceae

Corynebacterium

Arthrobacter

Bacillaceae

Bacillus

Clostridium
  1   2   3   4   5


Verilənlər bazası müəlliflik hüququ ilə müdafiə olunur ©azrefs.org 2016
rəhbərliyinə müraciət

    Ana səhifə