Supplementary Figure




Yüklə 32.63 Kb.
tarix27.02.2016
ölçüsü32.63 Kb.

Supplementary Figure

Nucleotid-

Position 10┐ 20┐ 30┐ 40┐ 50┐ 60┐ 70┐ 80┐

ABS * * * * * *



Rhpu-DRB*1 (0.22) CAG CGC GTG CGG TTT CTG GAC AGA TAC TTC TAC AAC CGG GAG GAG TAC CTG CGC TTC GAC AGC GAC GTG GGC GAG TAC CGC GCG GTG

Rhpu-DRB*2  (0.15) ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GC. ... ... ... ... ... ... ... ... .T. ... ... ...

Rhpu-DRB*3 (0.09) ... ... ... ... ... ... ... .C. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...

Rhpu-DRB*4 (0.07) ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... G.. ... ... ... ... ... ... ... ... C.. ..G ... ...

Rhpu-DRB*5 (0.06) ... .A. ... A.. ... ... ..G ... C.. A.. ... ... ... ... ... .T. A.. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... A.T ...

Rhpu-DRB*6 (0.06) ... .A. ... A.. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... G.. ... ... ... ... ... ... ... ... .T. ... ... ...

Rhpu-DRB*7 (0.06) ... .A. ... ... ... ... ..G ... C.. A.. ... ... ... ... ... .T. G.. ... ... ... ... ... ... ... ... C.. ... ... ...

Rhpu-DRB*8 (0.05) ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... G.. ... ... ... ... ... ... ... ... C.. ... ... ...

Rhpu-DRB*9 (0.04) ... ... ... ... ... ... ..G ... C.. A.. ... ... ... ... ... .T. G.. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...

Rhpu-DRB*10 (0.04) ... ... ... ... ... ... ..G ... ... ... ... ... ... ... ... ... GC. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...

Rhpu-DRB*11 (0.03) ... .A. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GC. ... ... ... ... ... ... ... ... .T. ... ... ...

Rhpu-DRB*12 (0.03) ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... G.. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...

Rhpu-DRB*13 (0.02) ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... G.. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...

Rhpu-DRB*14 (0.02) ... ... ... ... ... ... ..G ... C.. A.. ... ... ... ... ... .T. G.. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...

Rhpu-DRB*15 (0.01) ... .A. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GC. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...

Rhpu-DRB*16 (0.01) ... ... ... ... ... ... ..G ... ... ... ... ... ... ... ... ... AC. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...

Rhpu-DRB*17 (0.01) ... ... ... ... ... ... ..G ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... .T. ... ... ...

Rhpu-DRB*18 (0.01) ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GC. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...

Rhpu-DRB*19 (0.01) ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... .T. G.. ... ... ... ... ... ... ... ... .T. ... ... ...

Rhpu-DRB*20 (0.01) ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... G.. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...

Rhpu-DRB*1 Q R V R F L D R Y F Y N R E E Y L R F D S D V G E Y R A V

Rhpu-DRB*2 . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . F . . .

Rhpu-DRB*3 . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

Rhpu-DRB*4 . . . . . . . . . . . . . . . . V . . . . . . . . H . . .

Rhpu-DRB*5 . H . . . . E . H I . . . . . F M . . . . . . . . . . T .

Rhpu-DRB*6 . H . . . . . . . . . . . . . . V . . . . . . . . F . . .

Rhpu-DRB*7 . H . . . . E . H I . . . . . F V . . . . . . . . H . . .

Rhpu-DRB*8 . . . . . . . . . . . . . . . . V . . . . . . . . H . . .

Rhpu-DRB*9 . . . . . . E . H I . . . . . F V . . . . . . . . . . . .

Rhpu-DRB*10 . . . . . . E . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . .

Rhpu-DRB*11 . H . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . F . . .

Rhpu-DRB*12 . . . . . . . . . . . . . . . . V . . . . . . . . . . . .

Rhpu-DRB*13 . . . . . . . . . . . . . . . . V . . . . . . . . . . . .

Rhpu-DRB*14 . . . . . . E . H I . . . . . F V . . . . . . . . . . . .

Rhpu-DRB*15 . H . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . .

Rhpu-DRB*16 . . . . . . E . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . .

Rhpu-DRB*17 . . . . . . E . . . . . . . . . . . . . . . . . . F . . .

Rhpu-DRB*18 . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . .

Rhpu-DRB*19 . . . . . . . . . . . . . . . F V . . . . . . . . F . . .

Rhpu-DRB*20 . . . . . . . . . . . . . . . . V . . . . . . . . . . . .


Supplementary Figure continued

Nucleotid-

Position 90┐ 100┐ 110┐ 120┐ 130┐ 140┐ 150┐ 160┐ 170┐

ABS * * * * * * * * *



Rhpu-DRB*1 ACC GAG CTG GGG CGG CGC ACA GCC AAG TAC TGG AAC AGC CAG AAG GAG CTC CTG GAG CAT AAG CGG GCC CAG GTG GAC GCG TAC

Rhpu-DRB*2 ... ... ... ... ... .CG GAC ..T G.. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... G.. CG. ... ... ... ... ... ... ...

Rhpu-DRB*3 ... ... ... ... ... .CG GAC ..T G.T ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... .G. ... ... ... ... ... A.. ...

Rhpu-DRB*4 ... ... ... ... ... .CG GAC ..T G.T ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... G.. CG. ... ... ... ... ... A.. ...

Rhpu-DRB*5 ... ... ... ... ... ... .T. ..T G.. G.. .T. ... ... ... ... ... ... .C. ... ..G ... ... ... ... ... ... ... ...

Rhpu-DRB*6 ... ... ... ... ... .CG GAC ..T G.. ... ... ... ... ... ... ... T.. ... ... G.. CG. ... ... ... ... ... A.A GTG

Rhpu-DRB*7 ... ... ... ... ... ... .T. ..T G.. G.. ... ... ... ... ... ... ... ... ... .GG ... ... ... G.. C.. ... A.. ...

Rhpu-DRB*8 ... ... ... ... ... .CG GAC ..T G.. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... G.. CG. ... ... ... ... ... A.. ...

Rhpu-DRB*9 ... ... ... ... ... G.. .T. ..T G.. G.. ... ... ... ... ... ... T.. ... ... ..G .G. ... ... GC. ... ... A.. ...

Rhpu-DRB*10 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... A.. ... ... .GG ... ... ... ... ... ... ... ..T

Rhpu-DRB*11 ... ... ... ... ... .CG GAC ... G.. ... ... ... ... ... ... ... A.. ... ... .GG ... ... ... G.. ... ... A.. GTG

Rhpu-DRB*12 ... ... ... ... ... ..G GAC ..T G.T ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..G .G. ... ... ... ... ... A.. ...

Rhpu-DRB*13 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..G ... ... ... ... ... ... ... ...

Rhpu-DRB*14 ... ... ... ... ... G.. .T. ..T G.. G.. ... ... ... ... ... ... TA. ... ... G.. GC. ... ... GC. ... ... A.. ...

Rhpu-DRB*15 ... ... ... ... ... ..G GAC ... G.. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... .GG ... ... ... .G. ... ... A.. ...

Rhpu-DRB*16 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... A.. ... ... .GG ... ... ... ... ... ... ... ...

Rhpu-DRB*17 ... ... ... ... ... .CG GAC ..T G.. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... G.. CG. ... ... ... ... ... ... ...

Rhpu-DRB*18 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..G ... ... ... .G. ... ... A.. ...

Rhpu-DRB*19 ... ... ... ... ... ... .T. ..T G.. G.. .T. ... ... ... ... ... ... ... ... ..G ... ... ... GC. ... ... A.. ...

Rhpu-DRB*20 ... ... ... ... ... ... ... ... ..T ... ... ... ... ... ... ... ... T.. A.. ..G ... ... ... ... ... ... ... ...

Rhpu-DRB*1 T E L G R R T A K Y W N S Q K E L L E H K R A Q V D A Y

Rhpu-DRB*2 . . . . . P D . E . . . . . . . . . . D R . . . . . . .

Rhpu-DRB*3 . . . . . P D . D . . . . . . . . . . . R . . . . . T .

Rhpu-DRB*4 . . . . . P D . D . . . . . . . . . . D R . . . . . T .

Rhpu-DRB*5 . . . . . . I . E D L . . . . . . P . Q . . . . . . . .

Rhpu-DRB*6 . . . . . P D . E . . . . . . . F . . D R . . . . . T V

Rhpu-DRB*7 . . . . . . I . E D . . . . . . . . . R . . . E L . T .

Rhpu-DRB*8 . . . . . P D . E . . . . . . . . . . D R . . . . . T .

Rhpu-DRB*9 . . . . . G I . E D . . . . . . F . . Q R . . A . . T .

Rhpu-DRB*10 . . . . . . . . . . . . . . . . I . . R . . . . . . . .

Rhpu-DRB*11 . . . . . P D . E . . . . . . . I . . R . . . E . . T V

Rhpu-DRB*12 . . . . . . D . D . . . . . . . . . . Q R . . . . . T .

Rhpu-DRB*13 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Q . . . . . . . .

Rhpu-DRB*14 . . . . . G I . E D . . . . . . Y . . D A . . A . . T .

Rhpu-DRB*15 . . . . . . D . E . . . . . . . . . . R . . . R . . T .

Rhpu-DRB*16 . . . . . . . . . . . . . . . . I . . R . . . . . . . .

Rhpu-DRB*17 . . . . . P D . E . . . . . . . . . . D R . . . . . . .

Rhpu-DRB*18 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Q . . . R . . T .

Rhpu-DRB*19 . . . . . . I . E D L . . . . . . . . Q . . . A . . T .

Rhpu-DRB*20 . . . . . . . . N . . . . . . . . . K Q . . . . . . . .

Supplementary Figure. Nucleotide and amino acid sequence variation of MHC class II DRB exon 2 alleles in Rhabdomys pumilio. Dots mark identity with the top sequence. The 1-letter abbreviation of the amino acids is always written at the second position of the codon. * mark polymorphic positions in the antigen binding sites (ABS). The ABS location number indicates the amino acid position after Brown et al. (1993). The allele frequency of each allele in the study population is given in brackets.





Verilənlər bazası müəlliflik hüququ ilə müdafiə olunur ©azrefs.org 2016
rəhbərliyinə müraciət

    Ana səhifə