Online Resource Single and multiregion Blastclust outputs obtained with the Similarity approach




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Single and multiregion Blastclust outputs obtained with the Similarity approach

Output blastclust (-S100) locus rbcL: 16 haplotypes




  1. Pinus pinea (Tuscany), Pinus pinea (Turkey), Pinus pinea (Emilia), Pinus pinea (Sardinia), Pinus pinaster (Tuscany), Pinus pinaster (Spain), Pinus pinaster (Pantelleria Island-Sicily), Pinus brutia (Turkey), Pinus halepensis (Apulia), Pinus halepensis (Sardinia), Pinus halepensis (Umbria), Pinus halepensis (Crete island-Greece), Pinus halepensis (Corfu island-Greece).

  2. Pinus nigra subsp.nigra (Friuli), Pinus nigra subsp.nigra var.italica (Abruzzo), Pinus nigra subsp.laricio (Abruzzo), Pinus nigra subsp.dalmatica (Croatia), Pinus nigra subsp.laricio (Calabria).

  3. Pinus mugo (Abruzzo), Pinus mugo (Friuli), Pinus mugo subsp.uncinata (Trentino), Pinus mugo subsp.uncinata (Piedmont), Pinus mugo (Trentino).

  4. Pinus heldreichii var.leucodermis (Calabria).

  5. Pinus sylvestris (Friuli), Pinus sylvestris (Piedmont), Pinus sylvestris (Trentino).

  6. Pinus cembra (Trentino), Pinus cembra (Piedmont).

  7. Pinus radiata (Botanical garden).

  8. Abies alba (Friuli), Abies alba (Calabria), Abies alba (Tuscany), Abies pinsapo (Botanical garden), Abies cephalonica (Botanical garden), Abies nebrodensis (Sicily).

  9. Picea abies (Friuli), Picea abies (Trentino), Picea abies (Piedmont).

  10. Larix decidua (Friuli), Larix decidua (Trentino), Larix decidua (Piedmont).

  11. Pseudotsuga menziesii (Botanical garden).

  12. Juniperus sabina (Trentino), Juniperus phoenicea f. (Latium), Juniperus phoenicea m. (Latium), Juniperus phoenicea (Elba island-Tuscany), Juniperus phoenicea (Apulia), Juniperus phoenicea subsp.turbinata (Tuscany), Juniperus oxycedrus subsp.oxycedrus (Latium), Juniperus oxycedrus subsp.macrocarpa (Latium).

  13. Juniperus communis (Friuli), Juniperus communis var. alpina (Abruzzo).

  14. Cupressus sempervirens var. horizontalis (Umbria), Cupressus sempervirens var. pyramidalis (Umbria), Cupressus sempervirens var. pyramidalis (Sicily), Cupressus sempervirens var. pyramidalis (Tuscany).

  15. Cupressus arizonica (Botanical garden).

  16. Taxus baccata (Latium), Taxus baccata (Apulia), Taxus baccata (Sardinia).

Output blastclust (-S100) locus trnH-psbA: 35 haplotypes




  1. Pinus pinea (Turkey), Pinus pinea (Emilia), Pinus pinea (Sardinia), Pinus pinea (Tuscany).

  2. Pinus halepensis (Apulia), Pinus halepensis (Sardinia), Pinus halepensis (Umbria).

  3. Pinus halepensis (Crete island-Greece).

  4. Pinus halepensis (Corfu island-Greece).

  5. Pinus brutia (Turkey)

  6. Pinus pinaster (Tuscany), Pinus pinaster (Spain), Pinus pinaster (Pantelleria Island-Sicily).

  7. Pinus nigra subsp.nigra (Friuli), Pinus nigra subsp.nigra var.italica (Abruzzo).

  8. Pinus nigra subsp.laricio (Abruzzo), Pinus nigra subsp.dalmatica (Croatia), Pinus nigra subsp.laricio (Calabria).

  9. Pinus mugo (Abruzzo), Pinus mugo (Friuli), Pinus mugo (Trentino), Pinus mugo subsp.uncinata (Trentino), Pinus mugo subsp.uncinata (Piedmont).

  10. Pinus heldreichii var.leucodermis (Calabria).

  11. Pinus sylvestris (Friuli), Pinus sylvestris (Piedmont).

  12. Pinus sylvestris (Trentino).

  13. Pinus cembra (Trentino), Pinus cembra (Piedmont).

  14. Pinus radiata (Botanical garden).

  15. Abies alba (Friuli), Abies alba (Calabria).

  16. Abies alba (Tuscany).

  17. Abies pinsapo (Botanical garden).

  18. Abies cephalonica (Botanical garden).

  19. Abies nebrodensis (Sicily).

  20. Picea abies (Friuli).

  21. Picea abies (Trentino).

  22. Picea abies (Piedmont).

  23. Larix decidua (Friuli), Larix decidua (Piedmont), Larix decidua (Trentino).

  24. Pseudotsuga menziesii (Botanical garden).

  25. Juniperus phoenicea f. (Latium), Juniperus phoenicea m. (Latium), Juniperus phoenicea (Elba island-Tuscany), Juniperus phoenicea (Apulia).

  26. Juniperus phoenicea subsp.turbinata (Tuscany).

  27. Juniperus sabina (Trentino).

  28. Juniperus oxycedrus subsp.oxycedrus (Latium).

  29. Juniperus oxycedrus subsp.macrocarpa (Latium).

  30. Juniperus communis (Friuli), Juniperus communis var. alpina (Abruzzo).

  31. Cupressus sempervirens var. horizontalis (Umbria), Cupressus sempervirens var. pyramidalis (Umbria), Cupressus sempervirens var. pyramidalis (Tuscany).

  32. Cupressus sempervirens var. pyramidalis (Sicily).

  33. Cupressus arizonica (Botanical garden).

  34. Taxus baccata (Latium), Taxus baccata (Sardinia).

  35. Taxus baccata (Apulia).

Output blastclust (-S100) locus rbcL+trnH-psbA: 35 haplotypes


  1. Pinus pinea (Turkey), Pinus pinea (Emilia), Pinus pinea (Sardinia), Pinus pinea (Tuscany).

  2. Pinus halepensis (Apulia), Pinus halepensis (Sardinia), Pinus halepensis (Umbria).

  3. Pinus halepensis (Crete island-Greece).

  4. Pinus halepensis (Corfu island-Greece).

  5. Pinus brutia (Turkey)

  6. Pinus pinaster (Tuscany), Pinus pinaster (Spain), Pinus pinaster (Pantelleria Island-Sicily).

  7. Pinus nigra subsp.nigra (Friuli), Pinus nigra subsp.nigra var.italica (Abruzzo).

  8. Pinus nigra subsp.laricio (Abruzzo), Pinus nigra subsp.dalmatica (Croatia), Pinus nigra subsp.laricio (Calabria).

  9. Pinus mugo (Abruzzo), Pinus mugo (Friuli), Pinus mugo (Trentino), Pinus mugo subsp.uncinata (Trentino), Pinus mugo subsp.uncinata (Piedmont).

  10. Pinus heldreichii var.leucodermis (Calabria).

  11. Pinus sylvestris (Friuli), Pinus sylvestris (Piedmont).

  12. Pinus sylvestris (Trentino).

  13. Pinus cembra (Trentino), Pinus cembra (Piedmont).

  14. Pinus radiata (Botanical garden).

  15. Abies alba (Friuli), Abies alba (Calabria).

  16. Abies alba (Tuscany).

  17. Abies pinsapo (Botanical garden).

  18. Abies cephalonica (Botanical garden).

  19. Abies nebrodensis (Sicily).

  20. Picea abies (Friuli).

  21. Picea abies (Trentino).

  22. Picea abies (Piedmont).

  23. Larix decidua (Friuli), Larix decidua (Piedmont), Larix decidua (Trentino).

  24. Pseudotsuga menziesii (Botanical garden).

  25. Juniperus phoenicea f. (Latium), Juniperus phoenicea m. (Latium), Juniperus phoenicea (Elba island-Tuscany), Juniperus phoenicea (Apulia).

  26. Juniperus phoenicea subsp.turbinata (Tuscany).

  27. Juniperus sabina (Trentino).

  28. Juniperus oxycedrus subsp.oxycedrus (Latium).

  29. Juniperus oxycedrus subsp.macrocarpa (Latium).

  30. Juniperus communis (Friuli), Juniperus communis var. alpina (Abruzzo).

  31. Cupressus sempervirens var. horizontalis (Umbria), Cupressus sempervirens var. pyramidalis (Umbria), Cupressus sempervirens var. pyramidalis (Tuscany).

  32. Cupressus sempervirens var. pyramidalis (Sicily).

  33. Cupressus arizonica (Botanical garden).

  34. Taxus baccata (Latium), Taxus baccata (Sardinia).

  35. Taxus baccata (Apulia).

Output blastclust (-S99.5) locus rbcL+trnH-psbA: 20 haplotypes




  1. Pinus pinea (Turkey), Pinus pinea (Emilia), Pinus pinea (Sardinia), Pinus pinea (Tuscany).

  2. Pinus halepensis (Apulia), Pinus halepensis (Sardinia), Pinus halepensis (Umbria), Pinus halepensis (Crete island-Greece), Pinus halepensis (Corfu island-Greece), Pinus brutia (Turkey).

  3. Pinus pinaster (Tuscany), Pinus pinaster (Spain), Pinus pinaster (Pantelleria Island-Sicily).

  4. Pinus nigra subsp.nigra (Friuli), Pinus nigra subsp.nigra var.italica (Abruzzo), Pinus nigra subsp.laricio (Abruzzo), Pinus nigra subsp.dalmatica (Croatia), Pinus nigra subsp.laricio (Calabria).

  5. Pinus mugo (Abruzzo), Pinus mugo (Friuli), Pinus mugo (Trentino), Pinus mugo subsp.uncinata (Trentino), Pinus mugo subsp.uncinata (Piedmont).

  6. Pinus heldreichii var.leucodermis (Calabria).

  7. Pinus sylvestris (Friuli), Pinus sylvestris (Piedmont), Pinus sylvestris (Trentino).

  8. Pinus cembra (Trentino), Pinus cembra (Piedmont).

  9. Pinus radiata (Botanical garden).

  10. Abies alba (Friuli), Abies alba (Calabria), Abies alba (Tuscany), Abies nebrodensis (Sicily), Abies pinsapo (Botanical garden), Abies cephalonica (Botanical garden).

  11. Picea abies (Friuli), Picea abies (Trentino), Picea abies (Piedmont).

  12. Larix decidua (Friuli), Larix decidua (Piedmont), Larix decidua (Trentino).

  13. Pseudotsuga menziesii (Botanical garden).

  14. Juniperus phoenicea f. (Latium), Juniperus phoenicea m. (Latium), Juniperus phoenicea (Elba island-Tuscany), Juniperus phoenicea (Apulia), Juniperus phoenicea subsp.turbinata (Tuscany).

  15. Juniperus sabina (Trentino).

  16. Juniperus oxycedrus subsp.oxycedrus (Latium), Juniperus oxycedrus subsp.macrocarpa (Latium).

  17. Juniperus communis (Friuli), Juniperus communis var. alpina (Abruzzo).

  18. Cupressus sempervirens var. horizontalis (Umbria), Cupressus sempervirens var. pyramidalis (Umbria), Cupressus sempervirens var. pyramidalis (Sicily), Cupressus sempervirens var. pyramidalis (Tuscany).

  19. Cupressus arizonica (Botanical garden).

  20. Taxus baccata (Latium), Taxus baccata (Apulia), Taxus baccata (Sardinia).


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