Master spécialité Ecologie, Biodiversité et Evolution (ebe) Proposition de stage de M2 Année 2005-2006




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Master spécialité Ecologie, Biodiversité et Evolution (EBE)

Proposition de stage de M2

Année 2005-2006


Titre du stage : Définition d’unités de conservation et effet des déplacements sur le succès de reproduction du guépard (Acinonyx jubatus) en perspective de sa conservation in et ex-situ.
Laboratoires d’accueil :


  • UMR « conservation des espèces, restauration et suivi des populations », département d’écologie et de gestion de la biodiversité, MNHN, 57 rue Cuvier, 75231 Paris.




  • Institut de biologie moléculaire, Université de Médecine Vétérinaire de Vienne, Savoyen Strasse 1, A1160 Vienna - Austria


Responsables du stage :
Dr Françoise Claro

Muséum National d'Histoire Naturelle

Département Ecologie et Gestion de la Biodiversité

Unité 305"Conservation des espèces, suivi et restauration des populations"

Ménagerie du Jardin des Plantes

Case postale 33

57 rue Cuvier

75231 Paris cedex 05

tel : 00-33-1-40-79-37-89

fax : 00-33-1-40-79-37-93

e-mail : claro@mnhn.fr
Dr. Pamela Burger

University of Veterinary Medicine

Institute of Biochemistry

Institute of Animal Breeding and Genetics

Veterinaerplatz 1

A-1210 Vienna, Austria

phone : +431 25077-5615 (lab)/-4115 (office)

fax : +431 25077-5693

email : Pamela.Burger@vu-wien.ac.at

Références dans le domaine :
Burger, P.A., Steinborn, R., Walzer, C., Petit, T, Mueller, M., Schwarzenberger, F., 2004, Analysis of the mitochondrial genome of cheetahs (Acinonyx jubatus) with neurodegenerative disease, Gene 338:111 –119.

Caro T.M. and Laurenson M.K., 1994: ecological and genetic factors in conservation: a cautionary tale. Science 263: 485-486.

Freeman, A.R., MacHugh, D.E., McKeown, S., Walzer, C., McConnel, D.J., & Bradley, D.G., 2001, Sequence variation in the mitochondrial DNA control region of the wild African cheetahs (Acinonyx jubatus), Heredity 86(3):355-362.

McKoewn, S., 2004, Report to the EEP Committee on the cheetah EEP Programme, données non publiées.

McKoewn, S., 2004, European Cheetah Studbook 2003. Unpublished report. Dubaï, AUE.

Merola, M., 1994, A reassessment of homozygotie and the case for inbreeding depression in the cheetah Acinonyx jubatus: implications for conservation. Conservation Biology, , 8: 961-971.

Poupeau, V., 2005, Effet de la consanguinité et des paramètres de gestion sur les populations captives, rapport de stage Master EBE, Université Paris 6. 30 pp.

O’Brien, S.J.,Wildt, D.E., Bush, M., 1986, The Cheetah in genetic peril, American Scientific, 254 (5): 84-92.

O’Brien, S.J., & al, 1987, East African cheetahs : evidence for two population bottlenecks? Proc. Natl. Acad. Sci. USA, vol 84: 508-511

Taberlet, P., Waits, L.P., Luikart, G., 1999, Noninvasive genetic sampling : look before you leap, Tree 14 (8): 323-327.




Description du stage :
La conservation ex-situ des espèces animales sauvages s’appuie sur des modalités de gestion génétique communes quelles que soient les espèces, et se fonde principalement sur l’évitement de la consanguinité et la représentation équilibrée des fondateurs de la population captive. L’impact de la consanguinité sur la survie d’espèces animales ex-situ a fait l’objet d’un large débat et la pertinence de la prise en compte des seuls paramètres génétiques, pour assurer la viabilité à long terme d’une population d’espèce sauvage menacée, reste posée en ex-situ.

Le guépard (Acinonyx jubatus) est à cet égard un bon modèle, l’espèce ayant fait l’objet de nombreuses publications discutant de la relation entre la faible diversité génétique mesurée sur les spécimens échantillonnés d’une part et le succès reproducteur et les chances de survie de l’espèce d’autre part (voir O’Brien & al-1987, Caro & Laurenson-1994, Merola-1994). La gestion génétique « classique » du guépard ex-situ est-elle prioritaire et adaptée pour assurer sa conservation à long terme ? En 2005, l’étude de Poupeau a permis d’analyser les données de reproduction collectées dans le cadre du Plan d’Elevage Européen du guépard, fondé sur une gestion à partir des seuls paramètres génétiques. Cette étude a en outre mis en évidence un certain nombre de biais liés notamment à l’attribution d’un coefficient de consanguinité nul pour les individus d’origine sauvage ou inconnue. L’ hypothèse de Merola (1994), soutenue par un certain nombre de gestionnaires de parcs zoologiques européens, selon laquelle le succès de reproduction dépend davantage d’une gestion environnementale et en particulier comportementale basée sur une stimulation de la reproduction par des transferts repetés des reproducteurs que d’une gestion génétique « classique », restait à tester.

La seconde question posée en conservation ex-situ ie la conservation de la diversité génétique subspécifique des fondateurs restait également à étudier. De nouveaux guépards fondateurs d’origine sauvage des régions d’Afrique du Nord (issus de saisies en douane) sont en attente de décisions de gestion appropriées. Des études génétiques, afin de déterminer ou confirmer la validité des sous-espèces décrites à ce jour, sont nécessaires préalablement à la mise en place de mesures de gestion de la reproduction appropriées. Plusieurs institutions, membres de l’EEP guépard (programme d’élevage européen), nous ont donc sollicité pour mettre au point et réaliser des analyses génétiques basées sur des méthodes dites non invasives, lesquelles permettront de constituer un échantillonnage représentatif de la distribution régionale des différentes sous-espèces. Si chez les grands carnivores, le recours à un échantillonnage non invasif est souvent la seule alternative pour permettre les études génétiques (Taberlet & al.-1999), les techniques actuelles n’ont jamais été testées sur le guépard.
Le stage consistera :
1) à analyser les données de transferts de guépards entre les parcs zoologiques européens (inter parcs) d’une part, et des données relatives aux transferts internes (intra parcs) dans les parcs zoologiques de Peaugres et de la Palmyre d’autre part. Les données intra-parcs seront récoltées par l’étudiant en collaboration avec le vétérinaire de chacun de ces parcs, tandis que les données sur les transferts inter-parcs seront issues du studbook européen. Ces données seront analysées à l’aide de modèles spécifiques, mis en place par l’étudiant, qui permettront de proposer des recommandations de gestion dans le cadre du PEE du guépard.
2) à tester les techniques d’analyse par méthodes non invasives sur des échantillons de poils et de fèces de plusieurs guépards issus d’Ethiopie, de Somalie et du Kenya, dans la perspective de la mise en œuvre d’une étude régionale en collaboration avec le coordinateur du studbook européen du guépard.
Les analyses s’effectueront au sein de l’institut de biologie moléculaire de l’université de Vienne, sous la direction du Dr Pamela Burger. En effet, ce laboratoire, au cours de travaux précédents, a séquencé l’intégralité de l’ADN mitochondrial du guépard.

Elles consisteront à :

- Extraire de l’ADN mitochondrial à partir de fèces et de poils de guépard, amplifier et séquencer la région contrôle de l’ADN mitochondrial. Pour cela plusieurs méthodes seront utilisées : DNA extraction, photometric DNA quantification, electrophoresis, PCR and sequencing PCR, primer design and sequence analysis

- Analyser cet ADN dans le but de valider les sous-espèces décrites du guépard en région d’Afrique du Nord. Les données seront en partie traitées avec l’aide de ce laboratoire.



Ces analyses s’inscrivent comme travaux préliminaires à des études qui pourront être menées par la suite sur une plus longue durée, dans le cadre d’une thèse par exemple.


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