Гипотеза земного абиогенеза в свете данных палеонтологии, молекулярной биологии и анализа химического состава молекул рнк1




Yüklə 270.32 Kb.
tarix29.04.2016
ölçüsü270.32 Kb.


УДК ***(575)

ГИПОТЕЗА ЗЕМНОГО АБИОГЕНЕЗА В СВЕТЕ ДАННЫХ ПАЛЕОНТОЛОГИИ, МОЛЕКУЛЯРНОЙ БИОЛОГИИ И АНАЛИЗА ХИМИЧЕСКОГО СОСТАВА МОЛЕКУЛ РНК1

(c) 21__ г. В. А. Анисимов

SA A2iA (Artificial Intelligence & Image Analysis)

40 bis Rue Fabert, 75007 Paris, France

e-mail: va@a2ia.com



Поступила в редакцию __.__.2010 г.
Гипотеза внеземного абиогенеза до сих пор встречается многими учеными с определенным предубеждением. Тем не менее, по мнению автора, при внимательном, непредвзятом рассмотрении, она во многих отношениях гораздо лучше согласуется с наблюдательными данными последних лет по сравнению с традиционной гипотезой земного абиогенеза. В статье рассмотрены различные методы исследования проблемы места и времени появления известной нам формы жизни, делаются оценки вероятностей конкурирующих гипотез, приводятся факты, которые с трудом можно объяснить в рамках гипотезы земного происхождения жизни. Цель настоящей работы можно определить как проверку степени достоверности гипотезы земного абиогенеза на основе анализа последних результатов оценки возраста древнейших организмов, полученных в рамках метода молекулярных часов, исследования выводов, следующих из закономерности роста минимальной длины ДНК в процессе прогрессивной эволюции, а так же анализа особенностей состава химических элементов, из которых состоит РНК.
КРАТКОЕ ВВЕДЕНИЕ В ПРОБЛЕМУ
Идея внеземного абиогенеза (панспермии) в той или иной форме известна еще со времен античности, но в более или менее современном виде была предложена шведским ученым Аррениусом (Arrhenius 1907) в начале XX-го века, и с тех пор, вплодь до настоящего времени, она является предметом неутихающих споров биологов, палеонтологов, астрофизиков и даже философов (Шкловский 1962, Crick 1981, Розанов 1996, McKay et al. 1996, Еськов 2000, Hoover 2008, Joseph 2009 и т.д.). Одной из причин ее критики, возможно, является психологическое неприятие многими исследователями того факта, что жизнь могла зародиться где-то в другом месте Вселенной, а не на кажущейся нам столь прекрасной и подходящей для жизни родной планете. Человечество, в своей основной массе, вообще антропоцентрично. Не исключено, что корни этого явления лежат в самой генетической природе человечества, так как любовь к соотечественникам, к своей малой и большой Родине, является важным психологическим мотивом, способствующим, при определенных условиях, выживанию человечества как вида. Возможно, похожими причинами объясняется и то яростное сопротивление, которое оказывается многим теориям, посягающим на психологически комфортный антропоцентризм. Не здесь ли лежат истоки того, с каким трудом человечество отказывалось от модели, помещающей Землю в центр Вселенной, с каким гневом многие до сих пор воспринимают утверждение современной науки об общем предке людей и обезьян? По указанным причинам очень важным свойством теорий земного и внеземного абиогенеза можно считать их фальсифицируемость (по Попперу). К сожалению, аргументы, которые в настоящее время пытаются выдвинуть в защиту своей теории как сторонники, так и противники земного абиогенеза, в большинстве своем, невозможно использовать для прямой фальсификации рассматриваемых гипотез. Так, например, даже если каким-либо образом удастся доказать, что хотя бы некоторые из предполагаемых отпечатков бактерий в метеоритах являются подлинными, это все равно ни коим образом не подтвердит гипотезу внеземного абиогенеза, так как ее сторонникам нужно будет еще доказать, что эти бактерии не погибли сразу же, как только попали во враждебную им земную биосферу где, возможно, уже успешно процветали независимо зародишиеся на Земле бактерии.

С этой точки зрения, представляется интересным и важным поиск таких методов таких методов фальсификации рассматриваемых нами конкурирующих гипотез, которые бы были основаны на объективных данных, а не на субъективном мнении “экспертов”, защищающих ту или иную гипотезу. В свете этого обстоятельства, несомненный интерес представляют результаты молекулярных исследований древнейших земных микроорганизмов, и их предполагаемого общего предка – LUCA (сокращенное от английского Last Universal Common Ancestor - последний универсальный общий предок), а так же анализ особенностей химического состава РНК, считающихся первыми самовоспроизводящимися полимерными органическими молекулами. Отметим, что в последние годы как раз молекулярные исследования ДНК человека внесли существенный вклад в улучшение понимания нами истории эволюции человечества (наличие эффекта “бутылочного горлышка”, время отделения ветви Homo sapience от ныне живущих человекообразных обезьян, времена разделения различных эволюционных веток гоминид, включая разделение наших предков и неандертальцев и т.д.) и процесса его расселения по планете. Этот метод можно назвать своеобразными “молекулярными раскопками”, так как его сущность заключается в изучении истории развития таксонов и следов важнейших событий, произошедших на этом пути, основываясь на тех “отпечатках”, которые эти события оставили в ДНК и других органических молекулах земных организмов.


ОЦЕНКА ВЕРОЯТНОСТИ ЗЕМНОГО АБИОГЕНЕЗА НА ОСНОВЕ ПРЯМОЙ ОЦЕНКИ ВОЗРАСТА LUCA
Несмотря на очевидный прогресс в увеличении эффективности и надежности так называемого метода “молекулярных часов”, достигнутый за последние 10-15 лет, большинство исследователей с очень большой осторожностью относятся к попыткам восстановить возраст LUCA по молекулярным данным. Это, конечно, имеет свои причины. Чем дальше во времени мы пытаемся заглянуть, тем меньше у нас материалов для исследования (палеонтологических и геологических данных, пригодных для калибровки молекулярных часов, белков и рРНК, которые можно использовать для оценки степени расхождения ветвей эволюционного дерева), тем ниже, соответственно, степень достоверности полученных данных. В то же время, вопрос о возрасте LUCA настолько важен для исследования проблемы, которой посвящена настоящая статья, что не коснуться его мы не можем. Первые попытки определения возраста LUCA по молекулярным часам были предприняты почти сразу же после изобретения этого метода, и давали вполне совместимые с гипотезой земного абиогенеза результаты времени расхождения архей и эубактерий в 3-4 млрд. лет назад (Feng 1997). Однако, по мере усовершенствования и увеличения точности этого метода, время существования LUCA постепенно все больше отодвигалось в прошлое, смещаясь от архея к преархею. Из всей изученной автором литературы последняя по времени публикация по этой проблеме относится к 2003-му году (Sheridan et al. 2003), причем в ней сделана попытка оценить минимально возможный возраст LUCA исходя их анализа нуклеотидной последовательности “малой” субьеденицы рРНК (16S rRNA) у различных бактерий. При этом авторы получили значение нижней границы этого возраста в 4.29 млрд. лет2. В другой статье, которая может помочь пролить свет на датировку обсуждаемого события (Battistuzzi et al. 2004), на основе анализа эволюции тщательно выделенных авторами (на предмет минимизации вероятности их горизонтального переноса) 32 общих генов у 72 различных видов было построено филогеническое дерево, отражающее эволюцию исследуемых видов, и оценено время разделения его основных ветвей, включая наиболее древние из них. На основе интеграции данных из двух указанных работ, а так же с учетом того факта, что в первой из них оценивалось лишь минимально возможное время появления LUCA, можно попытаться уточнить датировку его появления. Для этого надо вначале “синхронизовать” молекулярные часы, основанные на скорости эволюции рРНК и белков, а потом откалибровать их по более достоверно установленным часам, использовавшимся в работе (Battistuzzi et al. 2004), для которых, к тому же, авторами вычислены соответствующие доверительные интервалы. В этом случае можно будет использовать калиброванные молекулярные часы из этой работы для корректировки абсолютного возраста LUCA, вычисленного в работе (Sheridan et al. 2003).

С точки зрения проводимого исследования нас, естественно, интересуют времена расхождения наиболее древних ветвей филогенетического дерева. С учетом этого обстоятельства для анализа были выбраны все точки ветвления, которые по молекулярным часам эволюции белков соответствуют времени расхождения более, чем 3 млрд. лет. Всего таких точек набралось 8. Сводная таблица, полученная путем интеграции филогенического дерева из работы (Battistuzzi et al. 2004), и дерева из работы (Sheridan et al. 2003), приведена в Приложении в Таблице 1. Как видно из этой таблицы, хронология эволюционных событий, получаемая двумя указанными методами, достаточно близка. Если, как это принято при обработке экспериментальных данных, отбросить минимальное и максимальное значения в выборке, то соотношение времен оставшиеся 6 событий концентрируются в достаточно узком интервале от 1.10 до 1.20. Среднее увеличение времени эволюционных событий по “белковым” молекулярным часам по сравнению с “рибосомными” по 8 точкам составляет величину 1.14. Сам факт различия в оценках абсолютных времен событий кроме разницы в калибровке (как уже было сказано выше, “рибосомные” часы калибровались по пересмотренной позже дате появления цианобактерий) объясняется так же тем, что в работе (Sheridan et al. 2003) оценивалось не наиболее вероятное, а минимально возможное время событий, что, естественно, работало на “омоложение” датировок. Следует отметить, что самая существенная разница в датировках разными методами наблюдается для времени разделения групп архебактерий Archaeoglobus и Thermoplasma, что объясняется тем, что для истории расхождения этих ветвей в рассматриваемых методах получились разные ветки филогенических деревьев. Однако, чтобы исключить факт субъективизма при обработке данных, это событие, наравне с другими, тоже учитывалось при оценке конечного результата.

Таким образом, зная средний коэффициент “омоложения” событий при использовании рибосомных часов, можно оценить и время, когда начали расходиться ветви архебактерий и эубактерий по более точным белковым часам. Для этого нужно умножить время жизни LUCA, полученное в работе (Sheridan et al. 2003) на вычисленный выше коэффициент “омоложения”. В результате, получим:

TLUCA-Prot = 1.14 * TLUCA-rRNA = 4.89 млрд. лет

В рамках исследования проблемы, которой посвящена данная статья, нам важно оценить вероятность того, что LUCA существовал еще до формирования Земли. Для этого нужно знать оценки погрешностей датировок, приведенных в работе (Battistuzzi et al. 2004). Сами авторы указанной статьи приводят доверительные интервалы для 95% вероятности попадания в них рассматриваемого события. Интересующая нас нижняя граница интервала в среднем (по 8-ми точкам) отстоит от оцениваемой даты на 19%, что в предположении нормального распределения ошибки и оценке возраста Земли в 4.54 млрд. лет приводит к оценке вероятности внеземного абиогинеза порядка 75%. Следует подчеркнуть, что это оценка снизу, так как она предполагает нереально быструю, с характерным масштабом времени не более нескольких десятков миллионов лет эволюцию от так называемого первичного органического бульона до весьма сложного организма, имевшего, по некоторым данным (Ouzounis et al. 2006), более 1000 генов.
ОЦЕНКА ВЕРОЯТНОСТИ ЗЕМНОГО АБИОГЕНЕЗА НА ОСНОВЕ ЭКСТРАПОЛЯЦИИ КРИВОЙ РОСТА МИНИМАЛЬНОГО РАЗМЕРА ГЕНОМА В ПРОШЛОЕ
Другим важным источником информации по исследуемой проблеме может быть обнаруженная в ряде работ последних лет (Sharov 2006, Марков и др. 2010) зависимость увеличения минимально неизбыточного размера генома у таксонов, традиционно считающихся этапами прогрессивной эволюци биоты. Существование подобной закономерности, приводящей к как минимум экспоненциальному закону роста минимальной длины генома от времени, позволяет предпринять попытку экстраполировать указанную кривую в прошлое, в надежде получить оценку времени, когда могли появиться первые “осмысленные” ДНК (или иРНК), имеющие размер, сравнимый с размерами современных микроРНК и иРНК простейших белков (десятки нуклеотидов). Результатом подобной экстраполяции (см. Рис. 1 в Приложении) является вывод о том, что первые “осмысленные” полинуклеотиды, начавшие накапливать информацию о внешей среде, и использовать ее для сохранения порождающих их автокаталитических процессов, не могли появиться позже, чем 8 млрд. лет назад3. Естественно, указанный срок практически полностью исключает возможность земного абиогенеза, поэтому, для того, что бы оценить объективную вероятность этой гипотезы, нам нужно получить оценку того, что сам метод экстраполяции в данном случае дает резко некорректные результаты. Попробуем оценить вероятность некорректности рассматриваемой экстраполяции исходя из самых общих соображений.

Интуитивно очевидно, что любая экстраполяция тем менее надежна, чем на больший период времени (по сравнению с интервалом времени, на котором данные известны) она осуществляется. Теория вероятностей позволяет нам получить объективную оценку этих интуитивных представлений. Из так называемого правила Лапласа (Laplace 1814) следует, что если мы ничего не знаем о причинах порождения некоторой последовательности событий кроме того, что одно из двух взаимоисключающих событий произошло N раз подряд, а другое – ни разу, то вероятность того, что указанное событие произойдет и в следующий раз, может быть оценена по формуле:

Pnext = (N+1)/(N+2) (1).

В нашем случае в качестве “событий” можно рассматривать факт соответствия закона роста минимальной длины генома на определенном промежутке времени полученной в работах (Sharov 2006, Марков и др. 2010) зависимости. В качестве единицы длины удобнее всего взять длину предпологаемого участка экстраполяции. Учитывая, что, возраст Земли TEarth оценивается в 4.54 млрд. лет, а первые достоверные отпечатки прокариотических клеток в слоях архея датируются возрастом Tproc порядка 3.5 млрд. лет (Schopf et al. 2002), получим, что продолжительность интересующего нас временного интервала Textr составляет TEarth-Tproc=1.04 млрд. лет. Тогда количество произошедших за период наблюдений событий Nexp равно Tproc/Textr=3.36. Соответственно, подставляя в формулу (1) вместо N его конкретное значение Nexp, получим оценку вероятности того, что на участке экстраполяции наблюдаемый характер зависимости не изменится, равную 81%.

Можно отметить, что предложенный метод оценки корректности экстраполяции достаточно консервативен. Например, если воспользоваться аналогией с экстраполяцией другой известной зависимости – кривой роста народонаселения Земли4, полученной в работе (Foerster et al. 1960) на основании оценок народонаселения от времен Римской империи до начала 60-х годов прошлого века, то на основании более позднего исследования фактической численности населения в доисторические времена (Chesnais 1992) можно придти к выводу, что аппроксимация, предложенная в упомянутой статье, дает погрешность оценки населения менее полутора порядков на всем протяжении кривой даже при продлении ее в прошлое на интервал времени, в 20 раз превышающий длительность интервала, по которому была осуществлена экстрапляция. В то же время, для того, что бы выводы об оценке времени начала процесса эволюции ДНК (или РНК) были неверными, отклонение в оценке минимального размера генома на промежутке времени экстраполяции, осуществляемой менее, чем на треть интервала с известными данными, должно соответствовать его уменьшению с нескольких сотен тысяч нуклеотидных оснований до нескольких десятков нуклеотидных оснований, то есть, достигать четырех порядков величины5.
ОЦЕНКА ВЕРОЯТНОСТИ ЗЕМНОГО АБИОГЕНЕЗА НА ОСНОВЕ АНАЛИЗА ХИМИЧЕСКОГО СОСТАВА МОЛЕКУЛ РНК

Важным, и, на наш взгляд, пока недооцененным источником информации об условиях, в которых зарождалась жизнь, может служить анализ химического состава первых органических молекул. В настоящее время наиболее общепринятой является теория первичности так называемого “РНК мира”. В соответствии с ней на первых этапах своего развития жизнь существовала в виде сообщества, или так называемых колоний молекул РНК, которые выполняли одновременно как каталитические функции, так и функции саморепликации. При этом представляется логичным предположить, что соотношение количества химических элементов, характерное для среды, в которой возникла жизнь, должно было в значительной степени отразиться и на химическом составе первых органических молекул, в частности, молекул РНК, и в силу известного эволюционного консерватизма природы в отношении метаболических процессов самого нижнего уровня (Галимов 2001), в общих чертах сохраниться до наших дней. Как известно, молекула РНК представляет из себя полинуклеотид, в состав которого входят стандартные химические структуры, состоящие из остатка ортофосфорной кислоты, рибозы, и одного их четырех азотистых основний: аденина, гуанина, цитозина и урацила. Химические формулы, описывающие состав указанных молекул, выглядят следующим образом: остаток ортофосфорной кислоты - PO4, рибоза - С5Н10О5, аденин - C5H5N5, гуанин - C5H5N5O, цитозин - C4H5N3O, урацил - C4H4N2O2.



Таким образом, в нулевом приближении предполагая примерно равную частоту встречаемости всех азотистых оснований в молекулах РНК, можно так оценить процентное содержание атомов различных химических элементов, содержащееся в 4-х выбранных наугад фрагментах ее линейной структуры: водород - 37.8%, кислород - 25.6%, углерод - 24.4%, азот - 9.6%, фосфор - 2.6%.

Рассмотрим теперь наиболее вероятный химический состав среды, в которой зарождалась жизнь, с точки зрения двух конкурирующих гипотез – земного и внеземного абиогенеза. Абсолютное большинство гипотез земного абиогенеза предполагает зарождение жизни в водной среде. Однако, химический состав мирового океана архейских и преархейских времен по прежнему очень плохо известен. Использовать для его оценок химический состав современного океана явно некорректно, так как за миллиарды лет существования Земли он мог значительно измениться под действием как геологических, так и биологических процессов. Однако, с астрофизической и геологической точек зрения, большая часть базовых органических химических элементов, присутствовавшая в первичном океане, даже если она была извлечена из водной среды, должна была остаться либо в верхней коре Земли, либо в ее атмосфере. Действительно, все базовые химические элементы жизни достаточно легкие, чтобы не “утонуть” в земной мантии подобно тому, как это произошло, например, со значительным количеством железа. С другой стороны, за исключением водорода, большая часть которого должна была испариться в космос практически сразу же после образования первичной атмосферы Земли, остальные базовые химические элементы жизни образуют в атмосфере достаточно тяжелые молекулы, так что, большая их часть, по видимому, не должна была покинуть атмосферу. Таким образом, базовые химические элементы жизни (кроме, может быть, водорода) на протяжении существования Земли, начиная с ее возраста примерно в 100 млн. лет, должны были, в основном, циркулировать между мировым океаном, верхней частью земной коры и атмосферой, не покидая пределов указанных сред. В соответствии с вышеизложенным, можно попробовать грубо оценить химический состав первичного океана следующим образом – усреднить состав сегодняшнего мирового океана и состав земной коры с одинаковыми весами, а потом учесть состав современной атмосферы с весом, пропорциональным отношению общего количества атомов в атмосфере к общему количеству атомов в мировом океане. В Таблице 2 на основании данных, взятых из (CRC Handbook of Chemistry and Physics 2005) и (NASA Earth Fact Sheet 2007) приведено процентное содержание основных химических элементов жизни в составе земной коры, ее атмосферы и океана по количеству атомов. Исходя из того, что масса мирового океана примерно в 270 раз больше общей массы атмосферы Земли (NASA Earth Fact Sheet 2007), соотношение средних молекулярных масс воды и воздуха составляет 1:1.6, а соотношение среднего количества атомов в одной молекуле примерно 3:2, получим, что в мировом океане содержится приблизительно в 650 раз больше атомов, чем в атмосфере. В итоге, интегрируя данные из Таблицы 2 с учетом соотношения весов океана, земной коры и атмосферы, в пропорции 650:650:1, получим следующую оценку предполагаемого процентного содержания базовых химических элементов жизни в среде ранней (около 4.4-4.0 млрд. лет назад) Земли когда, в соответствии с гипотезой земного абиогенеза, на ней зарождалась жизнь: водород - 34.8%, кислород - 47.8%, углерод - 1.9*10-2%, азот - 6.1*10-2%, фосфор - 3.7*10-2%.

Теперь оценим распространенность этих же элементов в нашей Галактике в целом. Проще всего это сделать на основании анализа химического состава солнечной системы, который, с одной стороны, достаточно хорошо изучен, а с другой стороны, считается типичным для нашей Галактики в плане представительства в нем различных химических элементов. На основании различных источников, например, (Anders and Grevesse 1989), базовые химические элементы жизни содержатся в солнечной системе в следующиих пропорциях по количеству атомов: водород - 91.0%, кислород - 7.8*10-2%, углерод - 3.3*10-2%, азот - 1.0*10-2%, фосфор - 3.4*10-5%.

Любопытно отметить, что если не считать химически пассивных гелия и неона, которые в силу своей инертности абсолютно бесполезны для органической матрии, в состав РНК входят, за исключением фосфора, все наиболее распространенные в нашей Галактике химические элементы. Исходя из вышеприведенных цифр, можно составить матрицы взаимных отношений количества всех вышеназванных элементов вблизи поверхности ранней Земли, в нашей Галактике и в молекулах РНК, а потом вычислить средний десятичный логарифм отклонения этих отношений от принятых за “стандартные” отношений количества элементов для РНК. В результате, мы получим значения 2.20 для сравнения матриц РНК – Галактика, и 1.78 для сравнения матриц РНК – Земля. Это говорит о том, что гипотеза земного абиогенеза при использовании для исследования всех химических элементов, содержащихся в РНК, подтверждается лучше (в линейном приближении с соотношением шансов примерно 72% на 28%), чем гипотеза внеземного абиогенеза. Но здесь можно сделать одно существенное замечание. Дело в том, что водород, который широко представлен как на Земле, так и в нашей Галактике, играет в органических молекулах лишь вспомогательную роль. В силу своей одновалентности, он может находиться лишь на концах цепочек органических молекул, образуя на них что-то вроде внешней “шубы”. Таким образом, атомы водорода лишь однозначным образом “налипают” на оставшиеся свободными одновалентные связи в уже практически сформированном на основе других атомов “скелете” органической молекулы. С этой точки зрения можно считать, что водорода забирается из внешней среды ровно столько, что бы заполнить все оставшиеся незанятыми терминальные одновалентные связи, и не более того. Соответственно, его очень широкая распространенность в природе должна достаточно слабо влиять на конкретный процент его содержания в органических молекулах. По этой причине представляется интересным произвести сравнение матриц взаимного отношения распространенности основных органических химических элементов так же и в варианте без учета в них водорода. В этом случае получаются значения 1.20 и 1.75 для сравнения, соответственно, матриц РНК – Галактика, и РНК – Земля. Таким образом, при исключении из списка сравниваемых химических элементов водорода, доступность которого не является лимитирующим фактором при синтезе органических молекул, преимущество (с отношением шансов 78% против 22%) имеет уже гипотеза внеземного абиогенеза. Автор оставляет на суд читателей самим решить, какой из способов оценки они считают наиболее адекватным.

Если говорить о качественном анализе приведенных выше данных, то можно констатировать, что взаимные отношения количества кислорода, углерода и азота в молекуле РНК хорошо согласуются с соотношением количества этих элементов в солнечной системе и Галактике вообще. В обоих случаях диапазон изменения отношений взаимной распространенности этих элементов заключен в достаточно узком по астрофизическим меркам интервале от 1 до 10, причем порядок следования распространенности внутри этой группы элементов один и тот же (в порядке убывания количества – кислород, углерод, азот). С другой стороны, очень важную роль в метаболических процессах самого нижнего уровня играет фосфор, которого в Галактике относительно мало – примерно на 3 порядка меньше, чем кислорода, углерода и азота. С этой точки зрения земной абиогенез выглядит предпочтительнее, так как распространенность фосфора на Земле сравнима с распространенностью углерода и азота. Однако, здесь нужно так же учитывать, что практически весь фосфор в породах земной коры находится в очень высокой степени окисления, и по этой причине в настоящее время он недоступен земным организмам. Вопрос о возможных механизмах его источников в доступной для биоты форме во времена архея и преархея, включая доставку метеоритами умеренно окисленных пород, содержащих фосфор, в настоящее время обсуждается (Schwartz, 2006). Слабым местом гипотезы земного абиогенеза является относительно низкая распространенность на Земле основного “элемента жизни” - углерода. Он является здесь самым редким из рассматриваемых нами химических элементов, уступая азоту примерно в три раза, а кислороду около трех порядков.

Любопытно отметить, что в составе используемых земными организмами аминокислот фосфор не встречается, что может косвенно свидетельствовать о более позднем возникновении каталитических комплексов на основе белков, возникших уже в другой среде, имевшей, по видимому, низкую концентрацию фосфора.
ЗАКЛЮЧЕНИЕ
За пределами данной статьи оказались многие дискуссионные темы. Например, в недавно опубликованной работе (Boussau et al. 2008), посвященной исследованию оптимальной температуры роста LUCA, авторы приходят к выводу о том, что вопреки широко распространенному мнению, он отнюдь не был термофилом. В качестве одного из предполагаемых объяснений этого факта авторы рассматривают гипотезу панспермии, хотя возможны и другие варианты, скажем, пересмотр температуры океана в преархее в сторону существенного ее понижения, чему в последнее время тоже находятся некоторые геологические подтверждения (Hren et al. 2009). С другой стороны, данные молекулярных исследований продолжают поддерживать теорию о постепенной и независимой адаптации ко все более низким температурам у изначально гипертермофильных архей и эубактерий (Boussau et al. 2008, Gaucher et al. 2008). Так же представляют интерес работы последних лет, посвященные исследованию реконструированного генома LUCA. Например, в соответствии с ними, LUCA уже имел гены для осуществления всех основных видов клеточного дыхания, свойственных современным организмам, включая цепочку кислородного дыхания (Castresana and Moreira 1999). Этот факт противоречит как большинству современных теорий об эволюции ранней Земли, предполагающих восстановительный характер ее атмосферы, так и геологическим данным, фиксирующим первые следы наличия некоторого незначительного количества свободного кислорода в окружающей среде лишь в породах, возрастом не более 2.7-2.8 млрд. лет. (Frei et al. 2009). Некоторые авторы (Fedonkin 2009) высказывают предположение, что цепочка клеточного кислородного дыхания могла понадобиться первым земным организмам для нейтрализации растворенного в воде кислорода, который в дневное время мог образовываться в результате фотодиссоциации молекул воды под действием ультрафиолетового излучения Солнца. На наш взгляд, такое объяснение выглядит не слишком убедительным, принимая во внимание тот факт, что то небольшое количество кислорода, которое могло образовываться в результате указанного процесса, должно было и так очень быстро нейтрализовываться окружающей восстановительной внешней средой. Более реалистичным выглядит предположение о существовании в архее бактерий, извлекающих молекулярный кислород из содержащих его веществ. Например, недавно был открыт вид анаэробных бактерий Methylomirabilis oxyfera, способных извлекать кислород из растворенных в воде нитритов (Ettwig et al. 2010). Последующие исследования должны прояснить, когда у бактерий появился подобный механизм, включая появление фермента, необходимого для катализа реакции разложения оксида азота.

Таким образом, с точки зрения автора, проведенный в данной работе анализ позволяет заключить, что при оценке правдоподобности гипотезы внеземного абиогенеза различными методами, она явно лучше согласуется с наблюдаемыми фактами по двум из рассмотренных методов, а третий метод дает разные результаты в зависимости от принятия или непринятия постулата о необходимости очистки исходных данных от влияния на них самого распространенного в природе элемента - водорода. В связи с многочисленными трудностями, с которыми сталкиваются попытки вписать в гипотезу земного абиогенеза все новые и новые труднообъяснимые для нее факты, многие исследователи начинают либо перемещать предбиологическую эволюцию на этап формирования солнечной системы (Snytnikov 2008), либо вынуждены предполагать, что большинство необходимых для жизни химических веществ были доставлены на Землю метеоритами (Pasek 2008). Однако, на фоне последних данных о том, что ранний Марс обладал значительными запасами жидкой воды, на спутнике Сатурна Титане зафиксирована на 2-3 порядка большая концентрация углерода, чем она могла теоретически быть на ранней Земле, а так же стремительно множащегося списка планет, открытых вне солнечной системы, становится все более неочевидным, в чем же заключается уникальность Земли по сравнению с другими, возможно более подходящими для зарождения жизни планетами? В свое время российский астроном В.С. Троицкий предположил (Троицкий 1981), что жизнь с необходимостью возникает примерно одновременно во всей Вселенной, когда для этого складываются подходящие условия. Ее можно рассматривать как один из очередных этапов самоорганизации материи наподобии того, как до этого одновременно во всей Вселенной возникли элементарные частицы, атомы, молекулы, звезды, галактики и т.д. Если придерживаться этого взгляда на эволюцию Вселенной (так называемая теория “Универсальной истории”, хотя на западе чаще используется термин “Big history”), то в свете предложенной А.Д. Пановым (Panov 2005, Панов 2008) модели развития предбиологической эволюции, жизнь (или “преджизнь”) должна была на первых этапах синхронно эволюционировать на уровне всей Галактики, существенно ускоряя процессы ранней эволюции органических молекул за счет распараллеливания обработки информации, и последующего обмена полученной новой информацией различными частями “внутригалактической биоты”. Естественным (и, что важно, потенциально проверяемым), следствием этой гипотезы служит постулирование единого генетического кода (возможно, с некоторыми местными “диалектами”) у всех биологических систем нашей Галактики.

Резюмируя, можно сказать, что все вышеперечисленное позволяет автору утверждать, что гипотеза внеземного абиогенеза заслуживает серьезного рассмотрения и проведения дальнейших исследований в этом направлении, несмотря на широко распространенное мнение о том, что она “ничего не объясняет”.
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ
Галимов Э. М., 2001. Феномен жизни: между равновесием и нелинейностью. Происхождение и принципы эволюции. УРСС.

Еськов К.Ю., 2000. История Земли и жизни на ней. МИРОС — МАИК Наука/Интерпериодика.

Марков A.В., Анисимов В.А., Коротаев А.В., 2010. Гиперэкспоненциальный рост минимального размера генома в эволюционном ряду от прокариот к млекопитающим // Палеонтологический журнал (в печати).

Панов А.Д., 2008. Универсальная эволюция и проблема поиска внеземного разума (SETI). Серия: Синергетика в гуманитарных науках.

Розанов А.Ю., 1996. Цианобактении и, возможно, низшие грибы в метеоритах // Соросовский Образовательный Журнал, N11, 1996, cтр.61-65.

Троицкий В. С., 1981. К вопросу о населенности Галактики // Астрономический журнал. Т. 58. С. 1121-1130.

Шкловский И. С., 1962. Вселенная. Жизнь. Разум. Изд-во АН СССР, 1962.

Anders E., Grevesse N., 1989. Abundances of the elements: Meteoritic and solar. // Geochimica et Cosmochimica Acta, V 53 (Jan. 1989), 197-214.

Arrhenius S., 1907. Panspermy: The Transmission of Life from Star to Star // Scientific American, 196 (1907).

Battistuzzi F.U., Feijão A., Hedges S.B., 2004. A genomic timescale of prokaryote evolution: insights into the origin of methanogenesis, phototrophy, and the colonization of land // BMC Evol. Biol. 4:44.


Boussau B., Blanquart S., Necsulea A., Lartillot N., Gouy M., 2008. Parallel adaptations to high temperatures in the Archaean eon // Nature, 2008. V 456, 942-945.


Castresana J., Moreira D., 1999. Respiratory Chains in the Last Common Ancestor of Living Organisms // J. Mol. Evol. 49, 453–460.

Chesnais J.-C., 1992. The Demographic Transition: Stages, Patterns, And Economic Implications. Oxford University Press.



CRC Handbook of Chemistry and Physics, 2005. 85th Edition, CRC Press. Boca Raton, Florida (2005). Section 14, Geophysics, Astronomy, and Acoustics; Abundance of Elements in the Earth's Crust and in the Sea.

Crick F., 1981. Life itself: its origin and nature. New York: Simon and Schuster.

Ettwig K.F., Butler M.K., Le Paslier D., Pelletier E., Mangenot S., Kuypers M.M., Schreiber F., Dutilh B.E., Johannes Z., de Beer D., Gloerich J., Wessels H., van Alen T., Luesken F., Wu M.L., van de Pas-Schoonen K., Op den Camp H., Janssen-Megens E.M., Francoijs K-J, Stunnenberg H., Weissenbach J., Jetten M., Strous M., 2010. Nitrite-driven anaerobic methane oxidation by oxygenic bacteria // Nature, 2010. V 464, 543-548.

Fedonkin M. A., 2009. Eukaryotization of the Early Biosphere: A Biogeochemical Aspect // Geochemistry International, 47, No. 13, pp. 1265–1333.

Feng D.-F., Cho G., Doolittle R. F., 1997. Determining divergence times with a protein clock: update and reevaluation // Proc. Natl Acad. Sci. USA 94, 13 028–13 033.

Foerster H., Mora P.M., Amio L.W., 1960. Doomsday: Friday, 13 November, A.D. 2026 // Science. 1960. Vol.132, no. 3436, pp. 1291 - 1295.


Frei R., Gaucher C., Poulton S.W., Canfield D.E., 2009. Fluctuations in Precambrian atmospheric oxygenation recorded by chromium isotopes // Nature, 2009. V 461, 250-253.


Gaucher E. A., Govindara J.S., Ganesh O.K., 2008. Palaeotemperature trend for precambrian life inferred from resurrected proteins // Nature, 2008. V 451, 704-707.

Hoover R.B, 2008. Comets, Carbonaceous Meteorites and the Origin of the Biosphere // Biosphere Origin and Evolution, Springer US, 2008, p. 55-68.


Hren M.T., Tice M.M., Chamberlain C. P., 2009. Oxygen and hydrogen isotope evidence for a temperate climate 3.42 billion years ago // Nature, 2009. V. 462, 205-208.

Joseph R., 2009. Life on Earth Came From Other Planets // Journal of Cosmology, 2009, 1, 1-56.

Laplace P.S., 1814. Essai philosophique sur les probabilités. Paris: Courcier.

Martin W., 1999. Mosaic bacterial chromosomes: a challenge en route to a tree of genomes // BioEssays 21, 99–104.



McKay D.S., Gibson E.V., Thomas-Keprta K.L., Vali H., Romanek C.S., Clemett S.J., Chillier X.D., Maechling C.R., Zare R.N., 1996. "Search for Past Life on Mars: Possible Relic Biogenic Activity in Martian Meteorite ALH84001" // Science 273 (5277): 924–930.

NASA Earth Fact Sheet, 2007. Официальный сайт НАСА: http://nssdc.gsfc.nasa.gov/planetary/factsheet/earthfact.html

Ouzounis C.A., Kunin V., Darzentas N., Goldovsky L., 2006. A minimal estimate for the gene content of the last universal common ancestor–exobiology from a terrestrial perspective // Res Microbiol. 2006; 157:57–68.

Panov A.D., 2005. Scaling law of the biological evolution and the hypothesis of the self-consistent Galaxy origin of life // Advances in Space Research V.36 (2005), P.220–225

Pasek M.A., 2008. Extraterrestrial flux of potentially prebiotic C, N, and P to the early Earth // Origins of Life and Evolution of Biospheres, 38(1):5-12.

Rasmussen B., Fletcher I.R., Brocks J.J., Kilburn M.R., 2008. Reassessing the first appearance of eukaryotes and cyanobacteria // Nature, 2008. V. 455, 1101–1104.

Schopf J.W., Kudryavtsev A.B., Agresti D.G., Wdowiak T.J., Czaja A.D., 2002. Laser--Raman imagery of Earth's earliest fossils // Nature, 2002. V 416 (6876): 73–6.

Schwartz A.W., 2006. Phosphorus in prebiotic chemistry // Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci. 2006 October 29; 361(1474): 1743–1749.

Sharov A.A., 2006. Genome increase as a clock for the origin and evolution of life // Biology Direct. V.1, P.17.

Sheridan P.P., Freeman K.H., Brenchley J.E., 2003. Estimated minimal divergence times of the major bacterial and archaeal phyla // Geomicrobiol J. 2003, 20:1-14.

Snytnikov V.N., 2008. Astrocatalysis Hypothesis for Origin of Life Problem // Biosphere Origin and Evolution, Springer US, 2008, p. 45-53.


Woese, C. R. 2000 Interpreting the universal phylogenetic tree // Proc. Natl Acad. Sci. USA 97, 8392–8396.

Приложение.

Таблица 1. Время разделения некоторых групп бактерий по результатам анализа эволюции их рРНК и наиболее древних белков



Вершины ветвления филогенического дерева в соответствии с обозначениями, принятыми в работе (Battistuzzi еt al., 2004)

Оценка минимального времени события по молекулярным часам на основе эволюции рРНК



Оценка времени события по молекулярным часам на основе анализа эволюции белков


Отношение оценок времени ветвления дерева, полученное разными методами

Euryarchaeota/Crenarchaeota (P)

3.46

4.11

1.19

Aquifex/другие эубактерии (K)

3.46

3.98

1.15

Methanococcus/Methanopyrus (O)

2.97

3.78

1.27

Termotoga/другие эубактерии (J)

3.30

3.64

1.10

Archeoglobus/Methanococcus (N)

2.97

3.57

1.20

Сhlamidia/Cyanobacteria (I)

2.70

3.19

1.18

Archeoglobus/Thermoplasma (M)

3.33

3.08

0.92

Mycoplasma/Cyanobacteria (H)

2.65

3.05

1.15

Таблица 2. Процентное содержание базовых органических химических элементов в земной коре, мировом океане и атмосфере по количеству атомов







Земная кора

Мировой океан

Атмосфера

Водород

3.0

66.6

2.0

Кислород

62.2

33.3

21.0

Углерод

3.7*10-2

1.4*10-5

1.1*10-2

Азот

3.0*10-3

2.3*10-7

77.0

Фосфор

7.3*10-2

1.2*10-8

0.0



Рис. 1. Экстрапаляция графиков зависимости минимальной длины генома от времени в экспоненциальном приближении, полученных в работах (Sharov 2006 и Марков и др., 2010) в прошлое. По оси абсцисс отложено время в миллионах лет, по оси ординат в логарифмическом масштабе – минимальный размер генома (в количестве нуклеотидных пар). Cерыми квадратами и черными ромбами показаны точки зависимости, полученные, соответственно, в работах (Sharov 2006) и (Марков и др. 2010). Соответствующие черная и серая прямые линии являются аппроксимацией данной зависимости. Экстраполяция прямых в прошлое показана пунктиром. Кругами в нижней части графика условно показаны моменты времени возникновения жизни, предпологаемые гипотезами земного (LIFE-EARTH) и внеземного (LIFE-GALAXY) абиогенеза.



1 Автор выражает глубокую признательность А.В. Маркову, А.Д. Панову, А.А. Шарову и М.С. Гельфанду за обсуждение затронутых в статье проблем, ценные консультации и критические замечания.

2 Следует отметить, что авторы данной работы использовали для калибровки молекулярных часов данные о находке древнейших биомаркеров цианобактерий в породах возрастом 2.65 млрд. лет, которые недавно были признаны позднейшими загрязнениями (Rasmussen et al., 2008). Однако, этот факт не влияет на результаты наших расчетов, так как они основаны на более надежной калибровке из работы (Battistuzzi et al. 2004).

3 Если использовать для экстраполяции не простейшие двухпараметрические, а более сложные трёхпараметрические модели, то момент возникновения жизни отодвигается ещё дальше, формально превышая возраст Вселенной. Если трёхпараметрическая эктраполяция действительно отображает адекватную картину роста, то, возможно, на начальных этапах предбиологическая эволюция существенно ускорялась за счёт обмена информацией между различными биосистемами нашей Галактики, см. ниже о гипотезе А.Д. Панова.

4 Эта аналогия тем более уместна, что, по всей видимости, причины роста в обоих случаях обуславливаются одним и тем же главным фактором – положительной обратной связью между значением функции, хорошо коррелирующим с количеством накопленной системой информации, и скоростью ее роста, поддерживающегося увеличивающимся объемом информации в системе (Марков и др. 2010).

5 Часть исследователей (Martin 1999, Woese 2000) считает, что LUCA представлял из себя не изолированный организм в современном понимании смысла этого слова, а, скорее, некое тесное сообщество организмов с полупроницаемыми мембранами, что могло бы означать существенно более важную, чем сегодня, роль горизонтального переноса генов и, соответственно, более быстрый рост длины ДНК. Однако, с точки зрения автора, система не может реально усложняться быстрее, чем это объективно позволяет уже достигнутый ею уровень сложности ее организации. Ведь “дополнительные” гены отнюдь не приводят автоматически к улучшению жизнеспособности системы, для этого их нужно еще уметь встроить в уже существующую генную сеть, не нарушив при этом логику работы ее компонент. Другими словами, система должна уметь отличать потенциально полезные ей генетические “зерна” от ненужных, и даже потенциально вредных генетических “плевел”, она должна “знать”, как правильно обращаться с новыми генами. В противном случае от этих генов ей будет не больше пользы, чем дикарю от найденных им на свалке запчастей от Боинга. Да и с точки зрения экономии энергии системе должно быть скорее выгоднее оставлять нужные ей гены при себе, чем отпускать их наружу, где они могут без всякой пользы просто разрушиться во внешей среде. Таким образом, вряд ли длина ДНК в преархее росла быстрее, чем это следует из аппраксимации обсуждаемой зависимости, даже если предположить, что межвидовые различия были размыты, и горизонтальный перенос генов между организмами был тогда широко распространен.



Verilənlər bazası müəlliflik hüququ ilə müdafiə olunur ©azrefs.org 2016
rəhbərliyinə müraciət

    Ana səhifə