Генотипирование штаммов Yersinia pestis




Yüklə 67.59 Kb.
tarix14.04.2016
ölçüsü67.59 Kb.
Генотипирование штаммов Yersinia pestis методом DFR

Ефременко Д.В.1, Кузнецова И.В.1, Остапович В.В. 1, Жаринова Н.В.1, Платонов М.Е.2, Евсеева В.В.2, Чиркова Е.В.2, Гапельченкова Т.В.2, Дентовская С.В.2, Анисимов А.П.2, Куличенко А.Н.1


1ФГУЗ «Ставропольский научно-исследовательский противочумный институт»

Роспотребнадзора, Ставрополь, Россия



2ФГУН «Государственный научный центр прикладной микробиологии и биотехнологии» Роспотребнадзора, Оболенск, Россия
В мире ежегодно регистрируются заболевания чумой. В настоящее время в связи с наличием активных природных очагов чумы в Северо-Кавказском федеральном округе России и на приграничных территориях Казахстана, Монголии и Китая, существует постоянная угроза возникновения вспышек этой инфекции на территории Российской Федерации. Возбудитель чумы Yersinia (Y.) pestis входит в список патогенных биологических агентов, представляющих наибольшую угрозу в качестве средства биотерроризма.

Y. pestis – эволюционно молодой вид бактерий, который относительно недавно произошел от Y. pseudotuberculosis. Приобретение множества чужеродных генов и утрата некоторого количества своих способствовало повышению вирулентности и патогенности Y. рestis и переходу возбудителя к облигатному паразитизму. Однако, непродолжительная история эволюционирования возбудителя чумы затрудняет внутривидовую дифференциацию данного микроба, необходимую для целей молекулярной эпидемиологии.

Отличающийся участок ДНК (DFR-локус) – это участок генома, по наличию которого отличаются штаммы одного вида. В геноме Y. pestis было выявлено 23 DFR-локуса. На основании учета присутствующего в геноме Y. pestis набора DFR-локусов была разработана технология генотипирования штаммов чумного микроба. Так как в каждом природном очаге чумы циркулируют штаммы Y. pestis преимущественно одного DFR-генотипа, метод DFR-типирования может быть использован при решении молекулярно-эпидемиолгических задач.

Целью нашей работы было изучение геномного полиморфизма штаммов чумного микроба из очагов Северного Кавказа и Средней Азии методом DFR-типирования.

В связи с тем, что три DFR-локуса Y. pestis расположены на плазмиде pFra и, следовательно, отсутствие этих DFR-локусов у штаммов чумного микроба, содержащих данную плазмиду и штаммов с pFra-, имеет принципиальное отличие, для исследования нами были выбраны только штаммы с pFra+.

В работе были использованы 40 штаммов Y. pestis из рабочей коллекции патогенных микроорганизмов ФГУЗ «Ставропольский научно-исследовательский противочумный институт» Роспотребнадзора, выделенных в группе Средне-Азиатских пустынных (7 штаммов), Центрально-Кавказском высокогорном (6 штаммов), Восточно-Кавказском высокогорном (5 штаммов), Иорском равнинно-предгорном (1 штамм), Дагестанском равнинно-предгорном (5 штаммов), Прикаспийском песчаном (5 штаммов), Терско-Сунженском низкогорном (1 штамм), Таласском высокогорном (7 штаммов), Гянджа-Казахском равнинно-предгорном (3 штамма) природных очагах чумы. Изучение штаммов чумного микроба проводили с помощью полимеразной цепной реакции с учетом результатов методом гель-электрофореза.

Для определения генотипа исследованных штаммов использовали данные о ранее описанных 92 DFR-генотипах Y. pestis.



На основании проведенных исследований было определено, что 32 штамма Y. pestis вошли в состав ранее описанных DFR-типов: 15 (16 штаммов), 46 (6 штаммов), 17 (4 штамма), 01b (3 штамма), 79 (2 штамма), 04 (один штамм). Оставшиеся 8 штаммов чумного микроба обладали ранее не встречавшимся DFR-профилем и были отнесены нами к DFR-типам 92 (5 штаммов), 93 (один штамм), 94 (один штамм), 95 (один штамм). В таблице 1 представлено распределение DFR-типов исследованных штаммов по различным природным очагам чумы.
Таблица 1 – Результаты генотипирования штаммов Y. pestis методом DFR

Название природного очага чумы

DFR 01b

DFR 04

DFR 15

DFR 17

DFR 46

DFR 79

DFR 92

DFR 93

DFR 94

DFR 95

Терско-Сунженский низкогорный





1















Гянджа-Казахский равнинно-предгорный





3















Иорский равнинно-предгорный





1















Таласский высокогорный


2

1







2



1

1



Группа Средне-Азиатских пустынных

1



5













1

Центрально-Кавказский высокогорный





2

4













Восточно-Кавказский высокогорный













5







Дагестанский равнинно-предгорный





3



2











Прикаспийский песчаный





1



4












Таким образом, на основании исследования 40 штаммов чумного микроба методом DFR, нами были получены данные о генетической вариабельности штаммов Y. pestis, изолированных из очагов Северного Кавказа и Средней Азии, которые могут быть использованы при решении молекулярно-эпидемиологических задач, обнаружены ранее не описанные DFR 92, DFR 93, DFR 94, DFR 95 генотипы.


Verilənlər bazası müəlliflik hüququ ilə müdafiə olunur ©azrefs.org 2016
rəhbərliyinə müraciət

    Ana səhifə