Ailesine ait




Yüklə 149.38 Kb.
tarix22.04.2016
ölçüsü149.38 Kb.
1. GİRİŞ
Reoviridae virus ailesi viroloji içinde içerdiği 12 cins ile en karmaşık olan ailelerden birisidir. Bu aileye ait viruslar, memeliler, sürüngenler, amfibiler, balıklar, omurgasızlar ve bitkilerde bulunmaktadır. Reoviridae ailesine ait ilk viruslar insan ve hayvanların solunum ve sindirim sistemlerinden izole edilmiştir. O dönemde bilinen herhangi bir hastalıkla da ilişkilendirilemedikleri için de “Orphan” olarak nitelendirilmişlerdir. Bu nedenle ismini “Respiratorik Enterik Orphan”ın kısaltmasından almıştır. Bu viruslar bugün Orthoreovirus cinsi altında bulunmaktadırlar. Reoviridae ailesine daha sonra insan ve hayvanlarda önemli patojenler olan Orbivirus, Coltivirus, Rotavirus ve Aquareoviruslar eklenmiştir. Duyarlı konakçıların çok sayıda olması ve yine çok sayıda bulaşma yolunun varlığına rağmen bu ilginç virusların kökeninin tam olarak bilinmesine yeterli olmamıştır (Murphy ve ark 2008).
Avian Reoviruslar (ARV), kanatlılarda viral artritis/tenosinovitis, solunum hastalığı, enterik hastalık ve gelişme geriliği/malabsorbsiyon sendromu gibi bir dizi hastalıkla (Rosenberger ve Olson 1997) ile ilişkilendirilmiştir. Ancak viral artritis/tenosinovitis haricinde ARV’nin bu hastalıklara sebep olma açısından ilişkisi henüz tam olarak aydınlığa kavuşmamıştır.
Avian reoviruslar bütün dünyada, kanatlılarda yaygındır. Viruslar hem hastalıklı hem de klinik olarak sağlıklı tavukların dışkı ve dokularından sıklıkla izole edilmektedirler (Guy 1998). Avian reoviruslar, kanatlı sektöründe ciddi kayıplara neden olabilmektedir. Ancak moleküler düzeyde bugüne kadar pek fazla incelenmemişlerdir.
Avian reoviruslar ilk defa 1954 yılında PPLO (pleuropneumonia-like organisms) olarak kronik solunum yolları hastalığı olan tavuklardan izole edildi (Fahey ve ark 1954). Bu ajan 1967 yılında İtalya’da reovirus olarak identifiye edildi (Petek ve ark 1967).
Olson ve ark (1957), 50’li yılların sonunda mikoplazmalarla ilgili bir çalışma esnasında broilerlerde sinovitis oluşumuna yol açan, ancak klortetrasiklin ve furazolidon’a duyarlı olmayan bir enfeksiyöz bir ajan izole etmişlerdir. Daha sonra bu sinovitis oluşturan enfeksiyöz ajanın diğer antibiyotiklere de duyarlılık göstermediği ve aslında bir reovirus olduğu ortaya konulmuştur. Ayrıca 1972’de hayvan deneyleri esnasında da virusun tenosinovitis oluşturduğu saptandı (Olson ve Weiss 1972, Van de Heide 2000). Kısa zaman sonra reoviruslar dünya çapında sinovitis vakalarından izole edildi. 1972’de elektron mikroskobunda reovirus olarak identifiye edilen viral etken olarak artritis vakalarında bulundu (Olson ve Kerr 1966, Walker ve ark 1972). 1976’da Connecticut S1133 izolatından canlı aşı üretimi denemeleri yapıldı. 1978 yılında ABD’de ilk kez reovirus aşı uygulamalarına izin verildi (Van der Heide ve Kalbac 1975).
Avian reovirusların barsak hastalıklarında da rol oynayabildiği 60’lı yılların sonundan itibaren tespit edilmeye başlandı (Krauss ve Überschar 1966). Ayrıca reoviruslar myocarditis ve hepatitis olgularında da izole edildi. 70’li yılların sonunda ilk malabsorbsiyon sendromunun ilk salgınları bildirildi (Kouwenhoven ve ark 1978).

2. ETİYOLOJİ
2.1. Avian Reovirusların Sınıflandırması ve Reoviridae
Avian reoviruslar Reoviridae ailesinin (familyasının) Orthoreovirus cinsi içerisinde yer alan viruslardır.
Reoviridae ailesi altında Cypovirus, Fijivirus, Orbivirus, Orthoreovirus, Oryzavirus, yeni bir cins (genus) olarak önerilen insekt reovirusları, Aquareovirus, Rotavirus, Coltivirus, Phytoreovirus, Seadornavirus ve Mycoreovirus olmak üzere 12 cins (cins) sınıflandırılmaktadır. İnsanlar ve hayvanlar için önemli 4 cinsi bulunmaktadır. Bunlar Orthoreovirus (Reovirus), Rotavirus, Orbivirus, Coltivirusdur. Diğer cinsler sadece bitkilerde bulunmaktadır (Mertens 2004).
Orthoreovirus cinsi, 3 adet memeli virusu ve numaralar ile gösterilen 11 adet de avian reovirus içermektedir. Orthoreoviruslar adenoviruslar gibi respiratorik- enteral semptomlara neden olmaktadırlar. Bulaşmaları horizontaldir. Artropodlar bulaşmada görev yapmazlar. Hastalıklar hafif seyreder. Orthoreoviruslar çeşitli memeli türlerinde genel olarak hafif seyreden hastalıklara neden olurlar. Viruslar atlarda laringitis, rinitis, konjunktivitis ve öksürük ile seyreden solunum yolu hastalıklarına yol açar. Köpekte konjunktivitis, rinitis, pnömoni ve ishal nedenidirler. Geviş getirenlerde ve domuzda ise, grip benzeri semptomlara ve ishale sebep olurlar. İnsanda enfeksiyon sonucu solunum sistemi ve barsaklar etkilenir.
Orbivirus cinsi, beş tanesi evcil hayvanlarda hastalığa neden olan çok sayıda serotipe ayrılmaktadır. Bu serotiplerden 24 tanesi Mavi Dil (MD) virusunu, dokuzu At Vebası virusunu ve 10 adedi ise İbaraki virusunun da içinde bulunduğu geyiklerin Epizootic Hemorrhagic Disease Virusunu (EHDV) içermektedir. Ayrıca Atların Ensefalozis virusu ve farklı türden hayvanlarda bulunan çeşitli virusları da bu cins içerisinde bulunmaktadır. İnsan ve hayvanlarda hastalığa neden olan Reoviridae ailesinde sınıflandırılan bazı önemli viruslar Çizelge 2.1’de verilmiştir.

Çizelge 2.1: Reoviridae ailesinde sınıflandırılan önemli virusların neden olduğu hastalıklar



Cins

Virus

Serotip sayıları

Etkilenen başlıca hayvan

Hastalık

Orthoreovirus

Memeli reovirusları

3

Birçok memeli türünden izole edilmiştir.

Farelerde Hepatoensefalomiyelit




Avian reovirusları

11

tavuk, hindi ve kaz

Arthritis, Tenosinovitis, nefrozis, enteritis, kronik solunum hastalığı, miyokarditis, MAS

Orbivirus

Bluetongue virusları

24

Koyun, sığır ve geyik

Mavi dil Hastalığı




African Horse Sickness virusları

9

Atlar, eşekler, katırlar ve zebralar

At vebası




Equine Encephalozis virusları

5

Equide

Abort ve ensefalitis




Epizootik Hemorajik Hastalık ve Ibaraki virusları

9

Geyik, Sığır

Epizootic hemorajik hastalık; Akut ateşli hastalık, mavidile benzer




Palyam virusları


6

Sığır

Abort doğmasal anomaliler

Rotavirus

Rotaviruslar ve birçok farklı virus




Tüm hayvanlar

Yeni doğanlarda enteritis

Coltivirus

Colorado kene humması virusu, Eyach virusu




Zoonoz, küçük memeliler ve insanlar

Colorado kene ateşi

Aquareovirus

Balık ve deniz kabuklularının virusları




Balıklar, kabuklu deniz canlıları

Kesin değil

Orthoreovirus cinsi üç farklı alt gruba ayrılan dört adet tür kapsamaktadır. Altgrup 1 memeli orthoreoviruslarını, altgrup II avian reoviruslarını ve Nelson Bay Virusunu kapsamaktadır. Altgrup III ise Babun virusu tarafından temsil edilir (Mertens 2004).

Orthoreovirus cinsi içerisinde bulunan memeli ve avian reoviruslarının birçok bakımdan benzerlikleri olmasına rağmen, konakçı spektrumu, patojeniteleri ve biyolojik ve serolojik özellikleri açısından birçok önemli farklılıkları bulunmaktadır (Spandidos ve Graham 1976, Schnitzer 1985, Rosenberger ve ark 1989, Duncan ve Sullivan 1998, Bodelon ve ark 2001). Avian reoviruslar memeli reoviruslarındaki gibi hemaglütinasyon özelliğine sahip değildir (Hieronymus ve ark 1983, Kawamura ve ark 1965). Buna karşın hücre füzyonu ve sinsitiyum oluşumuna neden olabilmektedir. Antijenik olarak ARV’larını, memeli reoviruslarının birbirinden net bir şekilde ayrılan 3 serotipi gibi sınıflandırmak mümkün değildir (Benavente ve Martinez-Costas 2007). Avian reoviruslara karşı oluşan antiserumlar memeli reoviruslarını nötralize etmezler. Jel elektroforezinde proteinleri aynı zamanda protein ve gen segmentleri memeli ve ARV’larının farklı olduklarını göstermektedir (Gouwea ve Schnitzer 1982a).

Son 20 yılda yapılmış olan çalışmalar ARV’ların memeli reoviruslarına göre çok farklı özellikleri ve aktiviteleri olduğu, bu nedenle de moleküler biyoloji bakımından ilgi çekici oldukları ortaya çıkmıştır. Avian reovirusunun S1 geni yapısal ve fonksiyonel olarak eşsizdir. S1’in 3 üç adet sistronunun translasyonunun başlatılması, kodlanan proteinlerin özellikleri ve işlevleri yeni araştırmalar için ilginç konuları oluşturmaktadır. Örneğin ARV, hücre-hücre füzyonuna yol açan az sayıdaki zarsız virustan birisidir. ARV’unun füzojenik özelliği S1 geninin ikinci sistronu olarak kodlanan ve yapısal olmayan 10 kDA’luk bir transmembran protein ile ilişkilendirilmiştir. Bu füzyon proteininin atipik küçük yapısı¸ hücre-hücre füzyonunun mekanizmalarının çalışılması için ilginç bir model oluşturmaktadır. Ayrıca avian reoviruslar interferona yüksek oranda dirençlidirler. Bu nedenle bu virusların interferonun antiviral etkilerine nasıl karşı koyduğu ile ilgili olan stratejilerin ve mekanizmaların araştırılması için yararlı oldukları düşünülmektedir (Benavente ve Martinez-Costas 2007).

Reovirusların serotipleri serolojik ve genotipik olarak tanımlanmışlardır. Serotiplerin her birinde bulunan virusların ortak antijenleri serolojik testlerle gösterilmiştir. Farklı serotiplerdeki viruslar arasında düşük düzeyde bazı serolojik çapraz reaksiyonlar olabilmektedir. Ancak bu karışıklık genotiplendirme ile giderilmektedir (örn; kısmi sekanslama). Rotavirus cinsine dahil virusların sınıflandırılması da genotipik ve serolojik analizlere dayanmaktadır. Gruba spesifik kapsid antijeni VPA’nın farklılaşması ana grupların tanımlanmasında kullanılmaktadır (Martinez-Costas ve ark 1995).


2.2. Morfolojik, Fizikokimyasal ve Biyolojik Özellikler
Reoviridae familyası üyeleri genel olarak, iki katlı kapside sahip, ikosahedral yapıda viruslardır. Genomları, çift iplikçikli RNA yapısında olup, 10-12 adet segmentten (birbirinden ayrı RNA molekülü) oluşur (Lee ve ark 1973, Benavente ve Martinez-Costas 2007). Genomun moleküler ağırlıkları toplam 15 x 106 (yaklaşık 18) Dalton (Da)’dur. Virion, transkriptazları ve diğer enzimleri içerir (Hieronymus ve ark 1983, Kawamura ve ark 1965, Walker ve ark 1972). Zarsız viruslardır (Lee ve ark 1973, Walker ve ark 1972). Virionların çapı 50 -75 nm olarak belirlenmiştir (Hieronymus ve ark 1983, Mustaffa-Babjeee ve Spradbow 1971, Spandidos ve Graham 1976, van der Heide ve ark 1981). Sezyum kloritte santrifüje edildiğinde 1.37 g/ml yoğunluğunda olduğu saptanmıştır (Spandidos ve Graham 1976, van der Heide ve ark 1981).
Reovirus pariküllerinin elektron mikroskopik görünümü resim 2.1.’de ve virionun şematik yapısı ise şekil 2.1.’de gösterilmiştir.


Resim 2.1.: Reovirus pariküllerinin elektron mikroskopik görünümü (Gooß, 2008).

2.3. Genomik yapı
Virionlar zarsız olmaları nedeniyle kloroforma ve etere karşı dirençlidirler. Sodyum deoksikolat ve formalin’e karşı da dirençleri bulunur (Adair ve ark 1987, Kawamura ve ark 1965, Montgomery ve ark 1986). Virus genomu çift iplikçikli RNA yapısında olduğu için idoksiuridin’e karşı dayanıklıdır (Lee ve ark 1973, Benavente ve Martinez-Costas 2007). Viruslar pH3 ile pH9 arasında relatif stabildir. Ancak tuz içermeyen pH nötral veya asidik tampon çözeltilerde ve birçok dondurma ve çözdürme işlemi esnasında enfeksiyözitelerini kaybeder. Ultraviole ışın ile inaktive olma süresi 120-720 saniye gibi değişken olması dikkat çekicidir (Deshmukh ve Pomeroy, 1969b).
Yüksek sıcaklıklardaki dayanıklılık denemeleri çeşitli sonuçlar göstermiştir (Petek 1967, Glass ve ark 1973, Van der Heide ve Kalbac 1975, Spandidos ve Graham 1976, Hieronymus ve ark 1983). ARV 50- 56°C’deki sıcaklıklarda saatlerce dayanıklı kalabilmektedir (60°C’de 10 saat, 37°C’de 15 hafta) (Deshmukh ve Pomeroy 1969b, Rosenberger ve Olson 1997). Fakat ARV 40oC derecedeki sıcaklıkta dış kapsit proteinlerini kaybederler (Grande ve Benavente 2000). Böylece kuşların vücut sıcaklıklarında, yani 39.5oC’nin üzerindeki sıcaklıkta dış kapsitin proteinleri kaybolabilir. Muhtemelen bu nedenle intestinal hücrelerde virusun penetrasyonu ve/veya intraendozomal uncoating hafifletilebilir (Benavente ve Martinez Costas 2007). Düşük sıcaklıklarda da ARV dayanıklıdır ve enfeksiyozitelerini aylarca korurlar (Olson ve Kerr 1966). Virus pH nötür olan bir tuz tampon çözeltisinde +4oC’de aylarca stabil kalabilir (Grande ve Benavente 2000).
Avian reovirus genomu çift iplikçikli 10 segmentli RNA’dan oluşmaktadır (Sekiguchi 1974, Sekiguchi ve ark 1968, Spandidos ve Graham 1976). Segmentler elektroforetik hareketliliklerine, yani büyüklük göre L (large), M (medium) ve S (small) olarak 3 sınıfa ayrılırlar (Clark ve ark 1990, Gouvea ve Schnitzer 1982, Rekik ve ark 1990). Avian reovirusun şematik görünümü Şekil 2.2.’de verilmiştir.
L sınıfında bulunan üç segment L1, L2, L3 olarak isimlendirilir. Orta büyüklükteki M sınıfında M1, M2, M3 olmak üzere üç segment gruplandırılır. Küçük olan S sınıfındaki segmentler ise S1, S2, S3 ve S4 olmak üzere 4 tanedir. L segmentlerinin moleküler ağırlıkları L1 segmenti için 2.4 -2.42 x 106 Da (dalton), L2 için 2.35 -2.4 x 106 Da, L3 ise 2.25-2.3 x 106 Da’dır. M1 segmenti 1.52-1.6 x 106 Da, M2 1.42-1.6 x106 Da ve M3 segmenti için de 1.34 x 106 Da büyüklüğündedir. Buna karşın S1 segmenti 0.98-1.1 x 106 Da, S2 segmenti 0.7-0.74 x 106 Da, S3 segmenti 0.65-0.69 x 106 Da ve S4 segmenti ise 0.62-0.64 x 106 Da büyüklüğündedir (Spandidos ve Graham, 1976).
S1 segmenti, S2’den daha yakın olmasına ve M sınıfında bir gen olarak kabul edilmesi gerekmesine rağmen, memeli reoviruslarına benzerliğinden dolayı S1 olarak tanımlanmış bulunmaktadır. Yani, her iki virus da 3 M ve 4 S geni taşımakta ve her iki virusun da λ- sınıfı hücre bağlantı proteini S1 geni tarafından kodlanmaktadır. Avian reovirus S1133 suşunun L2 segmenti hariç tüm genom parçalarının nükleotid dizilimleri belirlenmiştir. S1 haricinde de tüm diğer genom parçaları tek bir primer translasyon ürününü kodlamaktadır.
Her segmentin pozitif iplikçiği mRNA’da kodlanana eşdeğerdir ve 5’bitimininde tip-1 cap taşımaktadır. Buna karşın negatif iplikçik 5’ bitiminde (GCUUUUU) bir pirofosfat grubu taşımaktadır. Bilindiği kadarıyla 3’-bitimindeki son beş nükleotid (UCAUC) avian reovirusların tüm pozitif iplikçiklerinde korunmuştur. Bu da bu segmentlerin (sekansların viral transkriptlerinin) transkripsiyonu, replikasyonu ve/veya enkapsidasyonu için hedefin sinyal verici olduğunu göstermektedir.
Reoviridae ailesinin diğer üyelerinde olduğu gibi, 2 farklı avian reovirus izolatının aynı hücreyi enfekte etmesi sonucu, oluşan genetik reassortment ile her iki ana virustan genom parçaları taşıyan, bireysel genom segmentlerinin fenotipik özelliklerine sahip yeni projeni virusları oluşabilmektedir (Martinez-Costas ve ark 1995).

Şekil 2.1: Avian reovirusun şematik görünümü (http://pathmicro.med.sc.edu/mhunt/RNA16.jpg adresinden alınarak modifiye edilmiştir)



2.4. Proteinler
Avian reovirus genomu en az 12 primer translasyon ürünü kodlamaktadır ve bunların sekiz tanesi projeni virionlarına katılan yapısal proteinler iken, diğer 4 tanesi olgun virionlarda bulunmayan ancak enfekte hücrelerde sentezlenen yapısal olmayan proteinlerdir (Martinez-Costas ve ark 1997, Varela ve Benavente 1994). L sınıfındaki genler λ (lambda), M-sınıfındaki genler μ (mu) ve S sınıfındaki genler ise σ (sigma) olarak kodlanmıştır. Her sınıftaki yapısal proteinler elektroforetik mobilitelerine göre ve 1, 2 şeklinde gösterilen memeli reoviruslarından ayırdetmek amacıyla alfabetik olarak A, B vb. şekilde gösterilmektedirler.
Avian reovirionunun en az 10 farklı yapısal proteini vardır ki 8 tanesi (λA, λB, λC, μA, μB, σA, σB ve σC) kodlanmış olan mRNA’larının translasyon ürünleri, diğer ikisi de prekürsörleri olan μB proteininin post translasyonal ayrılmasından kaynaklanan μBN ve μBC’dir (Varela ve ark 1996). Yapısal proteinlere ek olarak avian reovirusları birkaç yapısal olmayan protein de içermektedir. Böylece, M3 ve S4 genleri enfekte hücrelerin sitoplazmalarında saptanmış olan iki temel yapısal olmayan proteini kodlar (Schnitzer ve ark 1982, Varela and Benavente 1994).
Avian reovirus polipeptidlerinin her birini kodlayan genin varlığı in vitro olarak tek tek denature genom segmentlerinin translasyonu ile saptanmıştır (Varela ve Benavente 1994). Sonuçlar viral genlerin boyutları ile kodladıkları proteinlerin boyutları arasında, S1 segmenti hariç, yakın ilişki olduğunu ortaya çıkartmıştır. S sınıfı genlerin en büyüğü olan bu gen σ sınıfı polpeptidlerin en küçüğü olan yapısal protein σ C’yi kodlamaktadır. Bu genin sekanslanması sonucu değişik bir sistron yapısının olduğunu ortaya çıkartmıştır (Shapouri ve ark 1995). Bu sistronların kodladığı proteinlerin her birine karşı spesifik antikorların kullanılması ile, ARV S1 geninin enfekte hücrelerde iki yapısal olmayan ve bir yapısal olan proteini kodladığı saptanmıştır. Bunun sonucunda S1 geninin esasen fonksiyonel olan bir trisistronik gen olduğu gösterilmiştir (Bodelon ve ark 2001). ARV proteinlerinin moleküler özellikleri ve fonksiyonları Çizelge 2.2’de özetlenmiştir.

Çizelge 2.2: Avian Reovirusların proteinleri ve özellikleri (Sahm 2009)

PROTEİN

Gen segmenti

Moleküler ağırlık (kDa)

Aminoasit sayısı

İzoelektrik nokta/ pl

Glikolizasyon

Lokalizasyon

Virion

*ISVP

Core

Nötralizasyon özelliği

Fonksiyon

λA

L1

140-147

1293

6,3-6,5

evet

core

x

x

x




Yapı oluşumu

λB

L2

125-130










core

x

x

x

evet, grup spesifik

transkriptaz

λC

L3

115-120

1285

5,05-5,35

evet

core ve dış kapsit

x

x

x




metiltransferaz guaniltransferaz

μA

M1

7985

737

8,0-8,4

evet

core

x

x

x




NTPaz

μB

M2

70-73

676

5,2-5,5

evet

dış kapsit

x










penetrasyon

μBC




68-70




4,2-5,4

evet

dış kapsit

x













μBN




5,5




4,2-5,4




dış kapsit

x













δ










4,7










x










φ










11,7






















μNS

M3

71-75

635

5,9




yapısal olmayan













viral fabrika

σA

S2

39-46




6,8

hayır

core

x

x

x




dsRNA’ya bağlı Nükleotidil-fosfataz, Antiinterferon aktivitesi

σB

S3

36-42







evet, güçlü

dış kapsit

x







Evet, grup spesifik




P10

S1-ORF1

10,5

95-98







yapısal değil













hücre füzyonu, membran permeabilitesi

P17

S1-ORF2




146

8,3-8,9




yapısal değil













transkripsiyon faktörü/kofaktör

σC

S1-ORF3

32-34







evet

dış kapsit

x

x




Evet, tip ve grup spesifik

reseptör bağlanması, apoptoz indüksiyonu

σNS

S4

34-41

367




evet

yapısal değil













ssRNA bağlama

*ISVPs: İntermediate Subviral Partiküller

2.4.1. Protein λA


Glikolize, λA proteini 140-147 kDa (Kilodalton) ağırlığındadır (Annadata ve Vakharia 1994, Martínez-Costas ve ark 1997, Spandidos ve Graham 1976). Genom segmanı L1 tarafından kodlanan λA proteini virion proteinlerinin %12’lik bir bölümüne sahiptir (Annadata ve Vakharia 1994, Martínez-Costas ve ark 1997, Spandidos ve Graham 1976). Bu protein viral RNA polimerazı içeren iç kapsit tabakasını meydana getirmekte ve daha sonra kapsitlerin birleşmesi için bir iskelet oluşturmaktadır (Zhang ve ark 2005).
λA proteini 1293 aminoasitten oluşmaktadır. Hafif asidik bir protein olup, pH 6,3-6,5 arasında izoelektriksel özellik kazanır. Farklı ARV izolatları arasında %98 dizi homolojisine sahiptir (Shen ve ark 2007 ). Bilinen fonksiyonu dışında yapısal protein olarak şimdiye kadar daha fazla bilgi bulunmamaktadır.
2.4.2. Protein λB
L2 geni tarafından kodlanan protein viral yapının en küçük komponentidir (Martínez-Costas ve ark 1997). Moleküler ağırlığı 125-130 kDa olup (Spandidos ve Graham 1976, Martínez-Costas ve ark 1997) virionun %1’ini oluşturur. Core ve dış kapsidin yapı taşıdır. Sekansı bilinmeyen tek viral proteindir. RNA polimeraz aktivitesini spesifik bir reovirus polipeptide bağladığı yönünde bir kanıt yoktur. Ancak boyutunun ve virion kopyalama sayısının Reoviridae ailesinde bildirilen diğer RNA polimerazlarla benzer olması nedeniyle λ B proteininin RNA polimeraz aktivitesinin olduğu düşünülmektedir. Bu proteinin grup spesifik nötralizan monoklonal antikorların üretimi için uygun olduğu düşünülmektedir.
2.4.3.Protein λC
Bu protein L3 geni tarafından kodlanmaktadır. Avian reovirionunun iç merkezinden dış kapsidine kadar uzanır (Martinez-Costas ve ark 1997, Zhang ve ark 2005). Moleküler ağırlığı 115-120 kDa’dur (Annadata ve Vakharia 1994, Martínez-Costas ve ark 1997, Schnitzer ve ark 1982, Spandidos ve Graham 1976). λC proteini virionun %9’unu oluşturur. λC Proteini 1285 aminoasitten oluşmaktadır. Hafif asidiktir ve pH 5,05-5,35 aralığında izoelektriksel özelliktedir. Glükolize bir proteindir (Varela ve ark 1996). Sekans homolojisi farklı ARV suşları arsında %95’dir.
ARV virionlarının içerdiği yapısal polipeptidlerin radio sinyal affnitesi λC proteininin viral capping enzimi olduğunu ortaya çıkartmaktadır. Ayrıca, λC proteininin tip-1-cap-yapısı içeren mRNA’da capping reaksiyonununu katalize eden guaniltransferaz olarak görev yaptığı kanıtlanmıştır. Bunun için λC proteini Mg+2 iyonlarına ihtiyaç duymaktadır (Martinez-Costas ve ark 1995).
2.4.4. Protein µA
Orta büyüklüklükteki M1 segmentinin kodladığı µA proteini iç kapsidin bir komponentidir (Martinez-Costas ve ark 1997). Moleküler ağırlığı 79-85 kDa (Martínez-Costas ve ark 1997, Noad ve ark 2006, Schnitzer ve ark 1982, Spandidos ve Graham 1976) olup, virionun yaklaşık %6’sını oluşturur. Glükolize bir proteindir ve 732 aminoasitten oluşur (Noad ve ark 2006). Hafif alkalik özelliğe sahiptir ve pH 8,0 -8,4 arası izoelektrik noktasıdır. Farklı ARV suşları arasındaki sekans homolojisi %96-%100’dür. Proteinin NTPaz aktivitesi bildirilmiştir. Nükleosidtrifosfatların dördünün de β-γ-fosfoanhidrid bağlantısının hidrolizini katalize eder. İki lizin molekülü proteinin enzimatik aktivitesi için esansiyeldir. Enzimatik aktivite ayrıca divalent katyonlara da bağımlıdır. Enzimatik aktivite için pH 5.5 – 6.0 arası, optimal sıcaklık ise 30 - 40oC olmalıdır. Ayrıca µA proteininin viral RNA sentezinde önemli bir rolü olduğu bildirilmiştir (Su ve ark 2007).
2.4.5. Protein µB
Avian reovirus genomunun M2 segmentinin ana translasyon ürünü µB proteinidir (Varela and Benavente, 1994). Ana µB proteininden µBC ve µBN proteinleri ayrılmaktadır. Bu proteinlerin moleküler ağırlıkları µB proteini için 70-73 kDa, µBC proteini için 68-70 kDa ve µBN için ise 5,5 kDa’dur (Varela ve ark 1996, Annadata ve Vakharia 1994, Martínez-Costas ve ark 1997)). µB proteini ve ayrılma ürünleri reovirionun dış kapsidinin yapısal komponentleridir (Martinez-Costas ve ark 1997).
µB proteini 676 amino asitten oluşmaktadır. Çeşitli ARV suşları arasındaki µB proteinin sekans homolojisi yaklaşık %94’dür (Schnitzer ve ark 1982). Virionun %32’sini oluşturmaktadır ve dış kapsidin ana proteinidir. µB proteinine karşı oluşturulmuş monoklonal antikorların nötralize edici özelliği yoktur. µB ve µBC glükolize, µBN ise myristolizedir (Varela ve ark 1996).
2.4.6. µNS proteinleri
Avian reovirus µNS proteini M3 segmenti tarafından kodlanan, yapısal olmayan bir proteindir. Moleküler ağırlığı 71-75 kDa olup, 635 aminoasitten oluşmaktadır (Schnitzer 1982, Touris-Otero ve ark 2004b, Varela and Benavente, 1994). Bu proteinin ARV suşları arasındaki dizi homolojisi yaklaşık %95-%97’dir. Bu protein viral morfogenezin başlangıcında önemli rol oynamaktadır. µNS proteini tek başına sentezlendiği zaman globuler intrasitoplazmik inklüzyon cisimciği oluşturan tek proteindir. Bu inklüzyonların içerisinde sentezlenen proteinlerden olgun virion oluşturulmaktadır (Tourís-Otero ve ark 2004a). Proteinin iki izoformu bulunmaktadır. Bunlardan sadece büyük olan µNS’in proteinleri toplayıp düzenleyebilme özelliği bulunmaktadır. Küçük olan µNSC proteini muhtemelen translasyonun internal girişimi sonucu veya ayrılma ile ortaya çıkar. Bu proteininin varlığı M3 segmentinin bisistronik olduğuna işaret etmektedir (Touris-Otero ve ark 2004b).
2.4.7. Protein σA
Vironun en küçük genlerinden olan S2 geninin kodladığı bu protein iç kapsidin bir komponentidir (Mart´ınez-Costas ve ark 1997). σA proteini 39-46 kDa büyüklüğündedir ve virionun %9’unu kaplar (Schnitzer 1982).
Monoklonal antikorlar vasıtasıyla yapılan Epitop mapping σA proteininin iki epitopunun olduğunu göstermektedir. Epitop 1 ve 2 farklı ARV suşları arasında yüksek oranda konserve durumdadır. Proteinde glikolizasyon ve fosforilizasyon bulunmamaktadır. ARV suşlarının sero veya patotiplerinin Epitop 2’ye ait protein sekansları arasında bir korelasyon saptanamamıştır. σA’a karşı oluşturulan monoklonal antikorlar çapraz reaksiyon göstermekle birlikte nötralizasyon özelliği bulunmamaktadır (Wickramasinghe ve ark 1993). Proteinin izoelektrik noktası yaklaşık pH 6.8’dir (Yin ve ark 2000).
ARV suşları arasında sekans farklılıkları yaklaşık %3.8 oranındadır. σA proteininin çift iplikçikli RNA’ya yüksek affinite göstermekte ve dönüşümsüz olarak bağlanmaktadır Protein sekanstan bağımsız dsRNA bağlayıcı aktivitesi bulunmaktadır. (Martinez-Costas ve ark 2000, Yin ve ark 2000, Touris-Otero ve ark 2005). Bu protein intraselüler protein sentezinin düzenlenmesinde anahtar rol oynayan dsRNA’ya bağımlı proteinkinazları inhibe eder. Muhtemelen σA genel olarak çift iplikçikli dsRNA’ya bağımlı enzimlerden dsRNA’yı ayırır. Böylece hücrelerin interferon indükte antiviral durumunu kaldırır. Bu aktivite muhtemelen dsRNA ya bağlanma özelliği ile ilişkilidir (Mart´ınez-Costas ve ark 2000, Gonzalez-Lopez ve ark 2003). σA proteininin avian reovirusun interferonun antiviral aktivitesine dirençli olmasında önemli rolü bulunmaktadır. Ayrıca core kabuğunun stabilizasyonunda da görevli olduğu düşünülmektedir (Xu ve ark 2004). Buna ek olarak σA proteini spesifik olmayan nükleotidil- fosfataz aktivitesine sahiptir. Bu aktivite sayesinde divalan Mn+2 (Mangan), Mg+2 ve Ca+2 varlığında ve pH 7.5-8.5 arasında, dört NTP’nin hepsini de di- ve monofosfata veya serbest fosfata hidrolize eder. Buna karşın çinko iyonları enzimi inhibe eder (Yin ve ark 2002).
2.4.8. Protein σB
Yapısal bir protein olan σ B (Mart´ınez-Costas ve ark 1995) dış kapsidin ana proteinidir. S3 gen segmenti tarafından kodlanır (Mart´ınez-Costas ve ark 1995, Varela ve ark 1996, Martínez-Costas ve ark 1997¸ Yin ve ark 1997). Moleküler ağırlığı 36- 42 kDa’dur (Martinez-Costas ve ark 1997¸Yin ve ark 1997, Schnitzer ve ark 1982, Shapouri ve ark 1996, Spandidos ve Graham 1976). Virionun % 30’unu oluşturur (Schnitzer ve ark 1982). Güçlü glikolize bir proteindir (Varela ve ark 1996). Memeli reovirus karşılığındakinin aksine dsRNA’ya bağlanmaz. Bu nedenle de antiinterferon aktivitesi olmadığı öngörülmüştür (Touris-Otero ve ark 2005). Proteinin kodlandığı bölgenin ARV suşlarının sekansları arasındaki farklılık % 0 ile %7.6 arasında değişir (Liu ve ark 2003). σB proteinine karşı oluşturulan monoklonal antikorlar kısmi olarak grup spesifik nötralizan aktivitesine sahiptir (Shapouri ve ark 1996).
2.4.9. Protein σC
σC proteini, dış kapsidin yapısal bir proteinidir. Virusun hücreye bağlanma proteinidir. (Martinez- Costas ve ark 1997, Shapouri ve ark 1996). Glikolize bir yapıdadır. S1 segmentinin 3. ORF’si tarafından kodlanır (Bodelón ve ark 2001,Schnitzer ve ark 1982, Spandidos ve Graham 1976, Shapouri ve ark 1995). Moleküler ağırlığı 32-34 kDa’dır (Martínez-Costas ve ark 1997, Schnitzer ve ark 1982). Virionun % 1’ini kaplar. ARV proteinlerinin en fazla değişkenlik gösteren proteinidir. Jel elektroforezde en güçlü polimorfizme sahiptir (Schnitzer ve ark 1982). Moleküler ağırlığı 102 kDa olan homotrimer şekilde bulunur. σC proteini amonyağa karşı büyük bir dirençlilik gösterir. Yüksek oranda termostabildir (65 °C’ye kadar). Yüksek tuz konsantrasyonlarına da dirençlidir. pH 5.2 ile 11.6 arasında stabil olup, fakat pH 3’te dayanıklılığını kaybeder. σC proteini hedef hücreye virionun adsorbsiyonundan sorumludur (Martinez-Costas ve ark 1997). Burada reseptörlere bağlanır. Fakat sadece trimer olarak bağlanma yeteneğine sahiptir. Bu protein nötralize edici antikorları oluşturmaktadır. σC proteinine karşı oluşan monoklonal antikorlar hem tip spesifik hem de grup spesifik nötralizasyon aktivitesine sahiptir (Shapouri ve ark 1996a, Wickramasinghe ve ark 1993). Diğer bir fonksiyon olarak, sinsitiyum oluşumuna katılıp katılmadığı tartışmalıdır. Ayrıca σC proteini, konakçı hücreye bağlı olmayan apoptozu indükleme yeteneğine sahiptir. Bu nedenle σC proteini için virus tarafından kodlanan apoptin ifadesi kullanılabilir. Burada proteinin karboksil sonu önemli role sahiptir.
2.4.10. Protein p10
Proteini p10 yapısal olmayan bir proteindir. S1 genom segmentinin ilk open reading frame (ORF 1) tarafından kodlanır (Bodelón ve ark 2001). Protein 95-98 aminoasitten oluşmaktadır. Moleküler ağırlığı 10.5 kDa’dır (Bodelón ve ark 2001, Shmulevitz ve ark 2002). Protein p10 gen bölgesinin ARV suşları arasındaki sekans farklılığı %32 oranına kadar olabilmektedir. Protein p10’un fonksiyonu konakçı hücrenin membranına entegrasyondan sonra hücre füzyonunu indüklemede rol almasıdır. Diğer bir fonksiyonu da konakçı hücre membranının permeabilitesini arttırmaktır. Yani viroporin olarak etki yapar (Bodelon ve ark 2002). P10 proteininin diğer bir fonksiyonu, intraselüler olarak bulunduğu bakteriyel ve ökaryotik hücrelerde plazma membran geçirgenliğini artırmaktır. Diğer bir deyişle viroporin olarak etki yapar (Bodelon ve ark 2002). Bakteriyel hücrelerde eksprese edilen rekombinant p10 proteinine karşı oluşturulan spesifik antikorların kullanılması ile p10’un gerçekten avian reovirusla enfekte hücrelerde sentezlendiğini göstermiştir (Bodelon ve ark 2001, Shmulevitz ve ark 2002).

2.4.11. Protein p17


Protein p17 yapısal olmayan bir protein olup segment 1 geninin ORF 2 tarafından kodlanır (9 Bodelón ve ark 2001). Protein 146 aminoasitten oluşmaktadır. p17 proteini globuler bir protein olup, izoelektrik noktası pH 8.3- 8.9’dur (Shmulevitz ve ark 2002). ARV suşları arasında sekans farklılığı %0 - 43 arasındadır. P17 proteini transkripsiyon aktivitesi üzerinde rol oynar.
Muhtemelen transkripsiyon faktörü veya transkripsiyon ko-faktörü olarak görev yapar (20). p17 nin geçici olarak kodlanmasının memeli hücrelerinde hücre çoğalmasını geciktirdiği bildirilmiştir (Liu ve ark 2005).
2.4.12. Protein σNS
NS proteini yapısal olmayan glikolize bir proteindir (Schnitzer 1985, Varela ve ark 1996). S4 genom segmenti tarafından kodlanmakta olup, moleküler ağırlığı 34-40 kDa arasında değişir (Chiu ve Lee (1997) ,Schnitzer ve ark 1982, Annadata ve Vakharia 1994)). ARV suşu S1133’nun 367 aminoasitten oluştuğu saptanmıştır. ARV suşları arasında sekans farklılığı yaklaşık olarak % 7.4’tür (Liu ve ark 2003). Monoklonal antikorlarla epitop B ve C saptanmıştır. B epitopu sekanstan bağımsız olarak tek iplikçikli bir RNA’ya bağlanır. ssRNA ya bağlandığı in vitro olarak gösterilen bu protein (Touris-Otero ve ark 2005, Yin ve Lee 1998) enfekte hücrelerin sitoplazmalarındaki büyük ribonükloprotein komplekslerinde bulunmaktadır. Bu nedenle de in vivo olarak ssRNA’larla yakın ilişkide bulunduğu



Verilənlər bazası müəlliflik hüququ ilə müdafiə olunur ©azrefs.org 2016
rəhbərliyinə müraciət

    Ana səhifə